厦门枋湖客运中心是一座投资近1亿元的现代化车站，其改造项目高标准完成，融合了商业与文化元素。车站占地约6.9万平方米，建筑面积4.2万平方米，拥有8000多平方米的长途客运站售票厅和候车室。这里设有27个售票窗口、27个检票口和36个发车位，发车区面积7000平方米，设计日发送旅客量可达40000人次，节假日可达6万人次。
车站采用两层设计，上层为出发层，下层为到达层，实现了乘客的进出分流，符合国内现代客运站的标准。旅客抵达后，可乘坐自动扶梯直接上2层，经过中庭走廊，进入宽敞明亮的售票区。一层和二层设有大面积的商业区域，包括TBK商业中心，拥有众多品牌店铺，如餐饮的麦当劳、肯德基、康师傅、大娘水饺等，超市如永辉、屈臣氏等一应俱全，为旅客提供了便利的休憩和周边居民的生活配套设施。
售票大厅设有27个窗口，上方的LED显示屏实时显示车票销售情况。9月2日起，枋湖客运中心开始售票，工作人员提醒旅客仔细核对票面信息，以免走错车站。松柏车站则从2011年9月5日起调整为引导和售票服务，旅客需看清票面信息后在相应的候车区域候车。
车站拥有1号和2号两个候车室，对应15个上车口，设计模仿机场，旅客需根据头顶标识找到自己的候车区。进入候车区前，行李需经过扫描，违禁物品的注意事项在LED显示屏附近明显提示，确保安全出行。
枋湖客运中心集长途客运、公交枢纽、出租车服务、商业卖场等四大功能于一体，是厦门岛内最大的长途客运综合枢纽站。它启用后，运营7年的松柏长途汽车站随即整体搬迁过去，不再使用。