哈尔滨祖国医药研究所的医疗部门结构丰富多样，包括一级临床科室在内，设有内科、外科、妇产科、儿科、骨科、针灸科、推拿科，以及皮肤科、肛肠科、急诊科、口腔科和眼科等，共计14个专业部门。在这些基础上，医院还设有12个二级专业分科，如肾病科、心病科、脾胃科、呼吸科和脑病科等，针对糖尿病、中风、风湿、结石、心肌炎、痛风和白内障等特定疾病设立了14个专病诊室。
在医技科室方面，研究所设有10个，其中在2001年，医院在原有的“全国中医肾病医疗中心”基础上，心血管病专科被选为“全国中医心血管病医疗中心建设单位”，针灸科更是成为了省级重点学科。全国中医肾病医疗中心规模在全国同类专科中居于领先地位，拥有固定床位165张，最多可使用床位210张，其肾病中心的免疫实验室更是达到了国家三级实验室的标准。针灸科配备有现代化的康复治疗中心，床位数为100张。
2003年，哈尔滨祖国医药研究所的全年门诊接待量达到了20万人次，住院病人超过7000人次，全年床位使用率高达93.4%，显示出医院的高效率和广泛服务。区外患者的比例占到了14.8%，这表明研究所的医疗服务不仅覆盖本地，也吸引了来自其他地区的患者前来就医。
黑龙江省中医研究院（黑龙江省中医医院）是1957年成立的黑龙江省祖国医药研究所，俗称“祖研”。1995年被评为三级甲等医院，现已发展成为集中医医疗，中医药科研和研究生教育于一体的省级中医药科研医疗机构，是黑龙江省和哈尔滨市的城镇职工医疗保险定点医院、全省16家省级医保转诊医院；2004年获卫生部、人事部、国家中医药管理局联合颁发的“全国卫生系统先进集体”和黑龙江省委颁发的“小康建设百面红旗集体”称号。