1、退税额计算基数不同
生产企业要先采购原材料或半成品，后经过一系列加工才能形成可销售的产品，在现实生活中，税务机关很难核查内外销原材料的比例，因此是以包含成本价和毛利润之和的计税价为基数进行计算。
而外贸企业主要业务是采购产品直接出口，税务机关能容易的区分内外销比例，所以仅使用商品进价为基数进行计算，由于基数的大小不同，两种企业的进项税转出额不等，即生产企业出口同样产品所获得出口退税额将小于外贸企业所获得的出口退税额。
2、进料加工出口退税的差异
在进料加工方式下，生产企业同样适用“免抵退”方法。生产企业从国外进口原材料用于加工后出口，进项税额转出是出口产品价格减去进口材料价格乘以征退税率的差。而对于外贸企业来说，由于进料加工跟一般贸易出口没有差别，退税额等于国内购进材料价格加加工费后乘以出口退税率。
3、退税计算的方式不同
生产企业出口货物增值税“免、抵、退”税额的计税依据及计算方法，而外贸企业实行的是“先征后退”计算方法。收购出口货物先行征收，出口后凭增值税专用发票上注明的金额，作为申报退税的依据，办理退税，其计算的征、退税之间产生的差额计入成本。
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