1、发展方向不同：经济技术开发区的发展方向是技术密集型产业，经济结构较为单一；享受的优惠条件少于经济特区（只有工业企业才可享受一些优惠条件）；着重于发挥枢纽作用，即对内对外辐射作用，沟通中外经济联系，通过外引内联促进内地经济发展与对外贸易，为繁荣全国经济作出贡献；
高新技术产业以高新技术为基础，从事一种或多种高新技术及其产品的研究、开发、生产和技术服务的企业集合，这种产业所拥有的关键技术往往开发难度很大，但一旦开发成功，却具有高于一般的经济效益和社会效益。
2、产业发展是开发区发展的核心内容之一，开发区产业发展模式是否科学，不仅关系开发区本身的经济持续发展能力，同时关乎开发区所在地产业结构调整、升级以及国家经济竞争力的提高。开发区在高新技术成果商品化、产业化以及引进外资、开发高新技术等方面发挥着重要的示范带动作用。
建设经济技术开发区的主要任务是：引进、吸收先进技术和现代管理经验；扩大出口贸易，增加外汇收入，积累建设资金；开发国内紧缺产品，满足全国生产建设需要；及时掌握和传播经济技术信息；培养各方面人才，以适应进一步对外开放工作的需要。
3、优惠政策不同：经济技术开发区的企业享有一定的优惠政策，比如优惠提供工业用地和税收减免。高新技术产业开发区通过实施高新技术产业的优惠政策。
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