不同的合作医疗项目有不同的报销方式，具体如下： 1、门诊报销： 开通农村医疗保险卡后，直接在指定医疗单位收费处刷卡，报销比例，所报销的费用直接在收费单上显示。 2、住院报销： 直接出具农村医保卡，交上押金并办理入院手续，在参保人员出院时，报销费用直接产生后扣除，结帐出院。 3、大病补助： 在住院时产生的高费用，可以申请大病补助，提出申请，到民办处拿表填写资料，开出证明后，带身份证，户口本，农村医保卡等复印件到民办处，审核后直接打入参保人医保卡。 4、意外伤害： 意外流产住院，在有准生证的出院后，可以在农村医疗保险指定的医疗单位用医疗保险卡直接刷卡，还没有办理的需及时补办准生证，去镇上医疗合作社提交医院单位的病历证明，收据，并提交医疗保险卡复印件，工作人员审核后15个工作日会打入参保人员的医保卡里。 5、异地医疗： 异地工作人员也能享受直接刷卡，如果异地就诊需本地医疗单位开具转诊证明，异地出院后须提交转诊证明，病历证明，出院收费单，身份证，户口本，农村医疗保险卡等有效证明到本地医疗合作社办理。 6、特殊情况： 参保人不在农村医疗保险指定的医疗单位，或有第三方出资，儿童疫苗，美容，牙齿矫正，人流，醉酒，打架斗殴等都不在农村医疗保险范围之内。
《社会保险法》第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。