有区别，学位证书是颁发第一学位证书上注明第二专业的学位，即两个学位。或由校方独立颁发辅修学科的学士学位证书。
普通学士学位中的“双学位”和“第二学位”证书，分别在第十一位用一个汉语拼音字母“S”和“E”加以区别，其余与普通学士学位证书编号方式相同。总位数为16位。
例2：1048642006S00001----(这是双学士学位证书的编号，是各高校自编的，在国家教育部没有备案，查不到，是‘黑户’，并且没有单独的大学本科毕业证与之对应，相当于废纸)
1048642006E00001----(这是第二学士学位证书的编号，国家教育部有其备案，并且发放有单独的第二学位的毕业证与之对应，在事业单位享受研究生待遇)
三、成人高等教育本科毕业生所获学位证书，在起始位置加“C”，与普通学士学位证书加以区分，其后续编号为16位数。
例3：C1048642006000001。
自考生所获学位证书，第十一位用汉语拼音字母“Z”标明，其余与成人学士学位相同。总位数为17位。
例4：C1048642006Z00001
四、专业学位证书编号位置印有汉语拼音缩写的“Z”字样，其后续编号改为16位数。除第十一位根据不同专业学位用一个汉语拼音字母加以区别外，其余与普通三级学位证书编号方式相同。具体字母为：
法律硕士（F）、教育硕士（Y）、工程硕士（C）、建筑学硕士和学士（J）、农业推广硕士（A）、兽医博士和硕士（B）、临床医学博士和硕士（L）、口腔医学博士和硕士（D）、公共卫生硕士（G）、公共管理硕士（E）、工商管理硕士（S）、工商管理硕士EMBA（I）、会计硕士（K）
例5：Z1048632006F00001
五、攻读两课教师、中职教师、高校教师所获取的硕士学位证书的编号，在起始位置用“Q”与其他学位证书加以区别，后续编号方式与普通硕士学位证书编号相同。
例6：Q1048632006000001
六、具有研究生毕业同等学力人员所获学位证书的编号，在起始位置用“T”与其他学位证书加以区分，后续编号方式与普通三级学位证书编号相同。总位数为17位。
例7：T1048632006000001
七、来华留学人员所获学位证书的编号，在起始位置用“L”与其他学位证书加以区分，后续编号方式与普通三级学位证书编号相同。总位数为17位。
例8：L1048632006000001
以上学位证书编号的规定从2006年1月1日起执行。届时，我办其它关于学位证书编号的规定，凡与本通知相抵触的内容，自行废止。因学位证书编号变更所引起的有关学位证书登记上网数据库信息的变化，详见关于学位上网工作的文件。
参考资料：http://zhidao.baidu.com/question/67820281.html