分公司不能办理总公司的资质证书。分公司只是依附于总公司的一个机构，是总公司的组成部分，没有独立的法人资格，只能在总公司的经营范围内进行生产经营。
由于资质证书属于特别法对于主体资格的强制性规定，以“分公司”签订的需要特定资质完成事项的合同，往往是无效的，也违反招投标法的规定。如，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第四条规定，“承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的行为无效。”
在总公司的经营范围内对分公司进行授权，分公司以总公司名义进行的经营行为是可以使用总公司的资质证书。
附：《中华人民共和国公司法》第十四条
第十四条 公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
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