一、两者的级别不同：
1、管理手册（即质量管理手册）的级别：管理手册的级别高于程序文件的的级别。
2、程序文件的级别：程序文件是在质量管理体系中质量手册的下一级文件层次。
二、两者的概述不同：
1、管理手册的级别：规定组织质量管理体系的文件，阐明一个组织的质量方针，并描述过其质量体系的文件。
2、程序文件的概述：程序是为完成某项活动所规定的方法；描述程序的文件称为程序文件；程序文件存储的是程序，包括源程序和可执行程序。
三、两者的作用不同：
1、管理手册的作用：作为对质量体系进行管理的依据；作为质量体系审核或评价的依据；作为质量体系存在的主要证据。
2、程序文件的作用：对影响质量的各项活动作出规定；规定各项活动的方法和评定的准则，使各项活动处于受控状态；阐明与质量活动有关人员的责任：职责、权限、相互关系；作为执行、验证和评审质量活动的依据。
参考资料来源：百度百科-质量管理手册
参考资料来源：百度百科-程序文件
1、文件层级不同。
在ISO质量管理体系中，管理手册为ISO质量管理体系的一级文件。而程序文件则属于质量管理体系中质量手册的下一级文件层次。
2、描述的内容不同。
在ISO质量管理体系中，管理手册描述的主要内容是质量体系的基本结构，是实施和保持质量体系应长期遵循的文件。而程序文件描述的主要是为完成某项活动所规定的方法。
3、文件作用不同。
在ISO质量管理体系中，管理手册文件的作用是质量体系进行管理的依据、质量体系审核或评价的依据以及作为质量体系存在的主要证据。程序文件的作用是使质量活动受控、对影响质量的各项活动作出规定。
4、文件结构不同。
管理手册文件的结构主要包含了质量方针和目标、目录以及组织结构、职责权限的说明等。程序文件的结构主要某项活动的封面、刊头、刊尾、修改控制页以及正文内容。
以上内容参考 百度百科-程序文件、百度百科-质量管理手册
本回答被网友采纳程序文件：描述了“做什么”，说明了COP、SOP、MOP每个过程应该做些什么；
三级文件：即作业指导书、操作规程等描述了“怎么做”，详细描述每个过程怎么实现。本回答被提问者采纳
第一层次 质量手册；
第二层次 程序性文件；
第三层次 作业指导书（含检测细则、操作规程）；
第四层次 质量记录（表格、报告、记录等）。
质量手册是程序文件的概要及总括，程序文件是质量手册的具体阐述。
质量手册是质量文件的汇总，包含质量方针、质量目标、质量程序文件、质量标准等各种文件；程序文件仅仅是其中的一个部分。手册是告诉你做什么，程序是告诉你如何做。
质量管理制度是企业根据实际情况编写的有关质量管理的各方面规章制度，而质量手册为企业做ISO9000体系时做的一份系统的有关质量管理的制度汇编、其内容比一般企业的质量管理制度要更完善更全面，其中一些内容包含了质量管理制度中的内容但适用范围更广更规范有标准参考！
一阶文件：
质量手册，摘要地指出如何满足ISO9001:2000质量管理体系要求，同时应包括或提及质量管理体系的各项书面程序。
二阶文件：
程序文件，针对特定的质量流程，规定何人、何时、何地、利用什么方式来做何事及其要求。
三阶文件：
补充二阶文件，针对特定的作业流程说明如何做，以达到规定要求，如作业指导书，检验标准、校正指导书等均属之。
四阶文件：
表单，用以收集、传递资讯；控制作业流程或作为日后证明系统或产品符合规定要求的证据之格式。