公司独立核算,可以从两部分来看:
1、公司性质上是否独立：可查看营业执照，独立核算的分公司执照上的大标题是“企业法人营业执照”，非独立核算的大标题是“营业执照”；
2、税务是否独立：一般情况下纳税人不能明确分辨税务是否独立，只有税务片管员在税务系统上才能查看是否属税务独立，且无论税务是否独立核算，个人所得税、地税仍按正常企业独立申报，只有所得税税种才区分是否由总部统一核算分配。
涉及的企业所得税问题（总部在外地）：
非独立核算的分公司，每月的收入费用不需上报总公司，申报所得税时，除本公司应缴的所得税外，还需加上总公司分配比例表中分配给本分公司的应纳税所得额和所得税额，报送的材料中还应附总公司的分配比例表。
独立核算的分公司，需在总公司当地税务机关备案该分公司为独立核算的性质，办理备案手续后，分公司申报所得税时只需申报本分公司所得税，不需提供总公司利润分配比例表。
（登记时未明确公司性质为独立核算的分公司，一般情况下税务机关是默认为非独立核算的。非独立核算的分公司可在第1次申报（预缴）所得税时，向相关税务相关申请转为独立核算。）
无论是否独立核算,均应按相关规定建帐并编制会计报表。只有一种情况不需建制和编制会计报表的，那就是：核定征收。核定税额或税率，如果确定是核定征收后，那你也不用建帐也不用做会计报表啦，只要你开的发票额在一定范围内，每月缴的税金都不会超过核定数的。不过这种情况很少，一般是在建筑安装行业或个体户出现。
如果没有以分公司名义开具发票，可进行零申报，随征的城市维护建设税和教育费附加税也是0。
一般情况下，新公司成立需要缴纳的印花税有：
注册资金印花税：按登记的注册资金*0.05%
租赁合同印花税：生产经营场地的租赁合同中注明的月租金*0.1%*合同注明的使用期限(多少个月)
如果生产经营场地是股东无偿提供给公司使用的,地税局将视同为公司资产,要求证房产税：房产原值*(1-地税局核定的扣除比例)*1.2 (这是一年的金额,但由于房产原值比较高,所以一般情况下,算出来的金额会比租赁合同印花税的金额高)
如果你们公司在注册的时候没有向工商提供租赁合同的(股东提供经营场所), 建议在公司成立一个月内,马上补做一份租赁合同,租金按平均市场价(可以略低)自己做一份,出租方(股东)及承租方(分公司)双方签章(出租方可按红手印),缴给地税局管理员,马上补缴印花税,就可以了.
参考资料：http://zhidao.baidu.com/question/126778053.html