R语言中有哪些包可以处理批次效应

Question

如题所述

Answer 1

可以用sva包处理，
R sva包去除批次效应(batch effect)
标签：batch-effectr生物信息学
前言：sva包可以去除高通量实验中的批次效应和其它一些无关变量带来的影响。分为两个步骤：
1.鉴定和评估实验中潜在的影响变量；
2.直接应用ComBat去除已知的批次效应；
在sva包中，假定有两种变量需要考虑：1.兴趣变量（如癌症和正常对照）。2.调整变量（如：病人的性别、病人的年龄等）。另外有两种模型矩阵（model matrices):1. full model(全模型):包含以上的两种变量；2. null model：只包含调整变量。