是有损害的，
1、系统固件兼容性问题
由于ios系统固件的部分功能被改写，影响了原有系统固件与手机硬件的兼容性，越狱后的系统固件导致苹果手机发生自动关机的可能性是存在的。
2、应用软件插件兼容性问题
由于越狱后这些插件没有经过第三方的严格测试，可能会导致系统出现兼容性问题，而引起苹果手机自动关机。
3、硬件问题电池漏电
如果用非原装的充电器，充电电压和充电电流控制的不严格的话，也会损伤iphone手机的电池，造成关机
4、硬件问题主板电源IC
如果逻辑控制单元出现计算错误，明明手机电池有电了，在主板电源IC这层缺认为手机电池没有电量了，而自动关闭手机。
5、建议携带设备前往正规售后中心尽早进行维修和处理，以免手机出现电池老化，主板损坏，系统崩溃等问题。
苹果手机用到自动关机对电池没有损害。
当电池电量降到一定程度后，保护电路会强制关闭手机，避免对电池产生损害。
建议平时多注意保养电池，充电的时候可以每月做一次循环充电，也就是让手机电量消耗完，直到自动关机，然后充电并保持连续充电直到充满。IPHONE5的电池是锂电池，锂电池可以快充快放，所以平时保持有足够电量，不要等到低于20%才充电。
为不损害电池寿命，充电时最好以慢充充电；时间无须过长。手机电池存在自放电，因为过放会损害电池，手机电池若长久不用，应保证电池已有一定电量。
不要将电池暴露在高温或严寒下，像三伏天时，不应把手机放在车里，经受烈日的曝晒；或拿到空调房中，放在冷气直吹的地方。当充电时，电池有一点热是正常的，但不能让它禁受高温的“煎熬”。为了避免这种情况的发生，最好是在室温下进行充电，并且不要在手机上覆盖任何东西。充电时不是时间越长越好，对没有保护电路的劣质电池充满后即应停止充电。若长期不用时应使电池和手机分离。
新购电池初次使用不需充电12小时，但最好进行3~5小时完全充放过程，全充就是正常充电到100%，全放就是手机用到低电量提醒时。因为电池在出厂前要经过灌电解液，化成，充放电，分容等过程，使电池处于激活状态，但出厂后要经过少则一个月多则一年的时间才能到用户手中，由于电池自放电的影响，电池材料出现钝化，这时通过全充放电，可以让电池活化。
因为现在常用的锂电池和镍电池的原理不一样（iphone6采用的是锂电池），镍电池（包括镍氢、镍镉电池）的使用方法是“完全充放电”，而锂电池讲究的是“随用随充”，也就是让电池里的电子时刻保持流动状态。
iphone用户应该都知道“循环次数”这一说法，循环次数表示整个电池寿命中全部和部分放电周期的总数。将电池放电至 50% 的电量两次计为一个放电周期，并将该次放电周期计入循环次数。一次充电循环意味着用完电池的全部电量，但不一定意味着进行一次充电。例如，某天您可能使用手机一个小时或更长时间，用完一半电量后即重新充满。如果第二天仍是如此，则可计为一次（而不是两次）充电循环，因此，完成一次充电循环可能需要几天时间。所大家不用担心每插一次充电器就使用了一个“循环次数”，放心大胆的正常使用就好了！
另外锂电池在使用过程中还有不少限制，温度过低或过高都会导致无法充上电，所以在使用的过程中尽量保证在常温下，不要在严寒、酷热的地方长时间使用，否则会永久性的损坏电池的性能。本回答被网友采纳
一、将iOS设备系统更新至最新；
二、远离极端温度【iPhone、iPad、Apple Watch 和 iPod 运行的最佳温度在0°C至35°C（环境温度32°F至95°F）之间；存放温度：-20°C至45°C（环境温度-4°F至113°F）】。
三、充电时移除某些保护壳；
四、长期存放时，请保持50%左右电量；
五、优化部分设置（调暗屏幕亮度或者开启自动调节功能；使用无线网络连接、关闭后台活动刷新、关闭部分定位服务、关闭通知以减少屏幕亮起的频率、在蜂窝数据覆盖和信号较弱地区启用飞行模式）。
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