年终奖的扣税方式是根据国家税务总局的规定，将年终奖作为全年一次性奖金，不并入当月工资薪金所得，以个人取得的全年一次性奖金收入除以12个月，按月换算后的综合所得税率表，确定适用税率和速算扣除数，单独计算纳税。
具体来说，年终奖的个税计算方法为：应纳税额＝全年一次性奖金收入×适用税率－速算扣除数。其中，适用税率和速算扣除数是根据全年一次性奖金收入除以12个月得到的数额，在综合所得税率表上查找得到的。
举个例子来说，如果一个人年终奖为36000元，那么需要将36000除以12，得到每月的奖金数额为3000元。然后，在综合所得税率表上查找3000元对应的税率和速算扣除数，税率为10%，速算扣除数为210。因此，应纳税额为36000×10%-210=3390元。
需要注意的是，如果一个人的全年工资薪金所得低于6万元，且年终奖不超过3万元，那么年终奖可以享受免税政策。这是为了减轻低收入群体的税负，促进消费和经济发展。
总之，年终奖的扣税方式是根据国家税务总局的规定单独计算纳税，具体计算方法为将年终奖除以12个月，得到每月的奖金数额，然后在综合所得税率表上查找对应的税率和速算扣除数，计算出应纳税额。同时，对于低收入群体，国家也提供了相应的免税政策。