岳家军建成之后，岳飞十分注重军法军纪的制定与执行。岳飞强调兵贵精不贵多。故每次合并别部或整顿军队时，均严格挑选士卒，择精壮者组成新军，老弱和不习战斗者发给路费遣送回家。这样就使得岳家军将良兵精，常能以少胜众。
岳飞平时对部队的训练不但抓得紧，而且特别注重于实战要求。他在“止兵休舍”时，也“辄课其艺”，不忘训习，提出“视无事时如有事时”，令部队按实战要求进行训练。将士练习登城、跳壕等课目，即使在炎热的夏天，也必穿重甲，从难从严，认真刻苦，决不马虎。他还经常向部队进行爱国主义教育，每逢说到国家所面临的灾祸，便慷慨激昂、泪流满面，激发部属的爱国热情，鼓励他们去英勇战斗。
张俊在问及岳飞何为“严”时，他回答说：“有功者重赏，无功者峻罚。”
岳飞对待数万名将士，就像对待一个人一样，坚持赏不嫌疏、罚不避亲。将士“有尺寸之功，丝毫必录，自己推官而不居”，每拜官必力恳辞。攻莫邪关时，张宪的亲兵郭进有功，岳飞就将自己的金束带奖给他，并提升他为秉义郎。岳云身着重甲，跃马作上下坡训练时，不慎马失前蹄，从马背上摔了下来，岳飞责备他平时训练不严、给予严惩。
岳飞治军虽严，但严而不酷。有一次，他看到部属在鞭打一个士卒，立即加以制止，并且说服他对士卒以口头教育为主，不能轻易鞭打罚人。他的一员属将，因一个士卒擅自离开军营，而将其杀害，岳飞得知后，以为罪未至此，定要其偿命，经众人再三说情，才饶恕了这位将官，并让他立功赎罪。
为了使部属易于理解，便于执行自己的命令，岳飞每次行军作战，都简明扼要地发号施令，明确规定注意事项，并不惜采用铁的手段，维护军队的纪律。绍兴元年，岳飞为讨伐李成，回宜兴张渚镇迁徙军中家属时，有人控告其舅姚某抢掠民众财物，岳飞当着老母的面责备舅说：“舅的违纪行为，飞能容，恐军法不能容。”
姚某为此对岳飞怀恨在心，借部队行军之机，向他施放冷箭，岳飞当场将其处死。
岳飞无论行军或驻扎，都用严厉的军法约束着部队，故秋毫无犯。如果偶然有士卒践踏农田，损坏了庄稼，或者发生了买卖不公平事，皆要处死，不予宽贷。如果有士卒私取民众的一缕麻或一束草，一经发现，立即斩首。
一次行军，岳飞发现一所新盖的店房上缺少一片茅草，立即传问店主。店主唯恐生出事端，假意禀明岳家军并无扰民之事。岳飞不信，立即下令追查，终于找到了一个马军，他承认上马时不慎，碰掉一束茅草。经店主再三求情，虽免于处斩，但仍重杖100军棍。
由于岳飞对部属要求极严，故岳家军夜半经过民居，不敢惊动主人，露宿于门外，民不知有兵；即使民众开门愿纳，将士也不敢随便进入。开拔前，要把铺草、苇席整理好。有时岳飞还亲自为房主洒扫门庭、洗涤器物，然后告辞而去。一个士卒向湖口县某人买些薪草，卖主自愿少收两文钱，这个士卒坚决不肯，说：“我可不能因少付两文钱，而丢掉脑袋”。
岳飞在驻屯江州时，因供应不及，使岳家军一度处于杀马卖妻的困境，也没有发生抢掠事件。民众见宋军其它部队来时，“遁亡灭影”，听到岳家军过，则“相率共观，举手加额，感慕至泣”。
岳飞善于体恤部属，平时自己以身作则，与士卒最下者共食，酒肉全部分配，如果酒少不能分给全体将士，则添上一些水，也要使每人都能喝上一口。行军时，士卒露宿野外，自己也决不一人住进营帐。伤病者亲自为其调药；战死者厚祀而育其孤。凡有赏赐，均交给军中有关机构，分发给将士，自己不藏一文钱。
有一次，一个黄姓幕僚看到一名士卒在寒冷的天气里，只穿一件单衣，问这位士卒岳飞是否克扣军俸？这位士卒回答说：“别的军队都克扣军俸，还强迫士卒作丝棉袄，自己虽穿暖了，家眷不免挨冻受饿。岳相公不克扣一文钱，军俸听任士卒支配。我因家中人口多，花销大，不得已而为之，有什么可以抱怨的呢？”
正因为这样，岳家军将和士悦，人怀忠效，英勇善战，所向披靡。岳飞之“治军有方，虽观古以无惭”。