我想了一下，但是得有一个前提，就是第一个json数组的size必须和第二个json数组的size相同，并且一一对应，否则将造成数组溢出。
如果是基于上面这个前提，那么实现的方法就简单了。
操作json对象，其实标准的方法是将实体类转换成json后再操作，我这里的话为了便捷直接使用谷歌的Gson来创建JsonObject了，其他的json依赖还有阿里巴巴的FastJson等等，看你平时用什么习惯。
引入Gson依赖：
<dependency>
<groupId>com.google.code.gson</groupId>
<artifactId>gson</artifactId>
<version>2.8.0</version>
</dependency>
实现代码：
public class Main {
public static void main(String[] args) {
JsonArray jsonArray1 = new JsonArray();
JsonObject json11 = new JsonObject();
json11.addProperty("数据1", "0000");
json11.addProperty("数据2", "1111");
JsonObject json12 = new JsonObject();
json12.addProperty("数据1", "0000");
json12.addProperty("数据2", "1111");
JsonObject json13 = new JsonObject();
json13.addProperty("数据1", "0000");
json13.addProperty("数据2", "1111");
jsonArray1.add(json11);
jsonArray1.add(json12);
jsonArray1.add(json13);
System.out.println(jsonArray1);
JsonArray jsonArray2 = new JsonArray();
JsonObject json21 = new JsonObject();
json21.addProperty("数据3", "6666");
JsonObject json22 = new JsonObject();
json22.addProperty("数据3", "6666");
JsonObject json23 = new JsonObject();
json23.addProperty("数据3", "6666");
jsonArray2.add(json21);
jsonArray2.add(json22);
jsonArray2.add(json23);
System.out.println(jsonArray2);
//遍历json数组，按位取出对象
for (int i = 0; i < jsonArray1.size(); i++) {
JsonObject json1 = jsonArray1.get(i).getAsJsonObject();
JsonObject json3 = jsonArray2.get(i).getAsJsonObject();
//遍历数据3内容，通过Entry获取数据3的key和value，并合并到数据1中
for (Map.Entry<String, JsonElement> item : json3.entrySet()) {
json1.addProperty(item.getKey(), item.getValue().getAsString());
}
}
System.out.println(jsonArray1);
}
}
整体思路为：遍历两个json数组，按位进行合并操作。合并时，遍历数据3的jsonObject，获取其key和value，并将其合并到数据1中即可。
运行结果：
