根据上述职责，市卫生局内设14个职能科室。 （一）办公室（行政许可服务科）
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开、行政许可服务等工作。
（二）人事科
拟订全市卫生人才队伍发展规划和措施，并指导实施；会同有关方面贯彻执行各类卫生专业技术人员资格标准并组织实施；承担机关和直属单位的干部人事、机构编制管理工作；负责援外医疗队的派遣及日常外事工作；指导直属单位的离退休干部工作。
（三）计划财务科
拟订卫生事业发展规划，指导区域卫生规划工作，统筹规划与协调全市卫生资源配置；管理大、中型医用设备配置；组织协调中央和省市专项经费的安排使用与管理；管理医疗卫生服务价格；负责市直卫生部门及局机关预算管理和指导市属卫生事业单位基本建设及财务资产管理等；拟订卫生财务、会计、基建、大型医用设备、医疗器械采购等管理制度；负责内部审计、卫生统计工作。
（四）卫生应急办公室
拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；指导地方对突发公共卫生事件和其他突出事件实施预防控制和紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对自然突害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援。
（五）疾病预防控制科
拟订重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担法定报告传染病疫情信息工作；承办市防治艾滋病工作委员会的具体工作。
（六）农村卫生管理科
承担综合管理农村基本卫生保障和新型农村合作医疗工作，贯彻执行有关政策、规划并组织实施；指导全市农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；监督指导农村卫生政策的落实。
（七）妇幼保健与社区卫生科
贯彻执行妇幼卫生、社区卫生的政策措施、发展规划、技术标准并组织实施；负责《中华人民共和国母婴保健法》的执法监督，依法监督母婴保健技术服务的实施；组织实施《九江市妇女、儿童发展纲要》中妇幼卫生有关目标；协调有关部门做好优生优育工作。贯彻执行妇幼卫生技术标准；对妇幼保健实施监督管理，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。 （八）医政与药政科
贯彻执行医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准，并组织指导实施；贯彻执行医务人员执业标准和服务规范；贯彻执行药品集中招标采购工作相关政策、指导医院药事、临床重点专科建设、医疗感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；参与药品、医疗器械临床试验管理；负责贯彻国家基本药物制度、药品法典、国家基本药物目录并组织实施；拟订市级基本药物的采购、配送、使用的措施；提出国家基本药物价格政策的建议；参与国家基本药物制度推广、宣传教育工作。
（九）医疗服务监管科
承担医疗机构医疗服务质量和安全监管工作，建立医疗机构医疗质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务、财务监督和评价等工作；优化医疗执业环境，协调处理医疗纠纷和医疗投诉信访件，建立健全以公益性为核心的公立医疗监督制度，承担推进公立医院管理体制改革工作。
（十）食品安全综合协调科
承担市食品安全监管领导小组日常工作。负责食品安全综合协调；贯彻执行食品安全综合的政策规划和食品安全地方标准；承担组织查处食品安全重大事故的工作；组织开展食品安全监测、风险评估和预警工作；执行食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范；依法承担重大食品安全信息发布工作。
（十一）卫生法制与监督科
负责组织实施卫生监督体系建设工作；归口统一管理卫生行政执法工作；负责行政执法监督稽查工作；按照职责分工，负责职业卫生、环境卫生（含生活饮用水和公共场所）、放射卫生、学校卫生、消毒产品和涉及饮用水卫生安全产品的监督管理；负责传染病防治监督和打击非法行医、非法采供血工作，整顿和规范医疗服务市场；组织查处卫生违法案件，组织协调有关行政复议和行政应诉工作。
（十二）中医与科技教育科
贯彻执行中医、中西医结合工作发展规划、管理办法、规章和技术标准；负责全市中医医政工作，负责中医、中西医结合医疗机构的设置申报及监督管理；负责全市中医、中西医结合教育、科研工作；拟订医药卫生科技发展规划、实施科技计划和成果管理工作；组织实施国家和省市重点医药科研攻关项目；指导医疗卫生技术推广和科学普及工作；贯彻执行地方卫生技术标准；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；组织指导卫生人员教育培训和专业技术岗位培训工作；组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。
（十三）市政府血吸虫病地方病防治领导小组办公室（副处级）
承担市政府血吸虫病地方病防治领导小组的日常工作；制订全市血吸虫病、地方病防治工作规划和年度计划并组织实施；组织协调有关部门抓好血吸虫病、地方病的综合防治工作；督促指导全市血吸虫病、地方病、麻风病的综合治理、科学防治工作。
（十四）市爱国卫生运动委员会办公室（副处级）
宣传贯彻有关爱国卫生工作的法规政策；制定全市爱国卫生工作的规划和措施；指导全市各县（市、区）爱国卫生工作；组织协调开展创建市级、省级、国家卫生城镇（村、单位）活动和推进健康城市建设；组织协调指导全市健康教育和健康促进工作；组织协调指导全市农村改厕和农村饮用水水质监测工作；组织城乡开展除“四害”活动；承担市爱国卫生运动委员会的日常工作。
机关党委。负责机关和直属单位的党群工作。
纪委（监察室）。为市纪委（市监察局）的派驻机构。
