根据上述职责，九江市教育局内设9个职能科室。
（一）办公室
负责文秘、会务、督查、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、宣传、安全、保密、政务公开等工作。
（二）人事科（行政许可服务科）
指导协调全市教育系统教师队伍建设和人事人才工作；统筹管理全市中小学教师编制、教师资格认定、教师招聘、师德师风建设、职称、劳动工资、表彰奖励、考核等工作；牵头做好机关行政许可工作；负责市直教育系统干部队伍建设、人事管理、计划生育等工作。
（三）计划财务审计科
拟订全市教育事业发展规划；负责全市教育事业统计分析工作，提出我市普通高中、职业高中指导性招生计划和市直中小学招生计划;参与拟订教育经费筹措的政策；负责直属单位的国有资产管理、经费预决算、财务管理和内部审计；负责解困助学工作；承担教育经费的统筹和全市教育财务、教育专项经费、教育捐赠资金、中小学校舍建设的管理。
（四）基础教育科（语言文字办）
承担全市义务教育、普通高中教育、幼儿教育和特殊教育的宏观管理工作；指导教育教学改革、教材建设、德育工作；指导教学研究、现代技术教育和教学仪器设备配备工作；规划并指导科普、环境、防疫、心理健康等专项教育工作；指导全市基础教育课程改革及普通中小学招生制度改革，负责基础教育学籍管理工作，核发全市高中和市直初中学生毕业证书；指导扫除青壮年文盲；指导和管理全市语言文字工作。
（五）职业教育与成人教育科
承担职业教育统筹规划、综合协调和管理工作；统筹管理全市中等职业教育、成人教育、农村成人文化技术教育和中等职业学校校长及专业教师培训工作；负责全市中等职业学校的学籍管理；审核中等职业学校（班）设置、撤消、更名和专业设置；指导中等职业教育教学改革和教材建设、图书馆和实验、实训设备配备工作；指导社会力量举办各类中等职业教育学校的工作及职业证书考试；会同有关部门指导社区教育工作。
（六）综合教育科
管理和指导全市中小学教师继续教育工作；指导师范院校、县级教师进修学校的建设和发展；统筹管理和指导全市民办教育工作，审批全市社会力量举办的中等教育机构；统筹管理市属高等学校的教育教学工作，联络驻市高校工作，协助市委有关部门指导高校党建工作、高校师生的思想政治工作，参与高等学校扶助经济困难学生工作和高校的稳定工作。
（七）体育卫生与艺术教育科
指导学校体育、卫生与健康教育、艺术教育、国防教育工作；协调并组织中小学生参加国家及省、市体育竞赛和艺术教育等交流活动。
（八）国际合作与交流科
负责全市教育国际合作与交流；管理出国留学和来本市留学工作；会同有关部门管理外籍师生工作；指导汉语国际推广工作；负责与香港、澳门特别行政区以及台湾地区的教育交流与合作工作。
（九）学校安全稳定工作科（信访科）
统筹协调维护学校安全稳定工作；督促、指导学校落实安全稳定防范措施；协调处置安全稳定重大事件；指导市直学校精神文明建设和社会治安综合治理工作；负责教育系统信访管理工作，受理涉及市教育局工作方面的群众来信来访。
市人民政府教育督导室（副处级）。
承担教育督导工作，负责对全市贯彻执行教育法律、法规、方针和政策情况的督导检查；负责县（市、区）人民政府和有关职能部门履行教育工作职责情况的督导检查；负责“两基”的实施和巩固提高工作、中等和中等以下学校及其他教育机构的督导评估和检查验收。
机关党委。负责机关和直属单位的党群工作。
纪委（监察室）。为市纪委（监察局）的派驻机构。
