1、投标人提出书面质疑，一般要写明质疑的内容，质疑的依据，建议的质疑结果，以及提出质疑的公司名称，联络人，电话等信息；最重要的是要加盖公章后，传真或是电子邮件或快递原件给招标人或招标代理机构。
2、招标人或代理机理机构收到质疑后，受理质疑，根据质疑的内容进行判断。
3、投标人收到质疑答复，满意其质疑答复，即可结束质疑。
1、招标人或招标代理机构判断：一是与招标文件格式相关的内容，代理机构给出质疑答复；二是与招标技术要求或与招标人要求或是质疑相关单位的质疑，提交给招标人或是被质疑单位，由招标人或是被质疑单位对相关内容进行说明后回复给代理机构；最后由代理机构汇总所有质疑结果，进行质疑答复；
2、当招标人或代理机构未进行质疑答复时，或对质疑答复不满意时，投标单位可向监管部门提出书面申诉或投诉。
3、提出的申诉或投诉必须按要求进行编制、签字、盖章邮寄等。
投标人有权提出质疑的情况主要有3种：
1、因招标文件、资格预审文件违法违规使投标人权益受到损害
政府采购对采购文件存在质疑，应当在获取文件7日内提出。可以质疑的采购文件指：招标文件、谈判文件、磋商文件或询价通知书等。
2、因招标过程(含招标、投标、开标、评标、定标和签订合同)违法违规使投标人权益受到损害;
政府采购应当在采购环节结束7日内提出。
3、因评标结果(工程建设项目)或者中标结果(政府采购项目)违法违规使投标人权益受到损害。
政府采购对中标、成交结果存在质疑，应当在公告7日内提出。
提出质疑必须出具书面质疑函，一份合格的质疑函应该包括：明确的质疑对象、明确的质疑请求、具体/明确的质疑事项、因质疑事项而受到损害的权益、有合理的事实和依据、必要的法律依据。
供应商提出质疑后的受理流程如下：自收到书面质疑后7个工作日内，采购人或采购代理机构应当作出答复。若答复依然无法解答投标人疑问，可进一步投诉相关部门。