用人单位对违纪员工罚款是合法的。因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但是有限度。下面，我整理了有关法律知识，供大家学习参考。
一、用人单位对劳动者的违纪行为进行罚款是否合法 (一)合法的，违反公司制度的情况下罚款是合法的，但是有限度。
《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
《中华人民共和国劳动法》
第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金:
(1)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
(2)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;
(3)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(4)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
二、劳动者旷工违纪时用人单位单方解除劳动关系是否合法 根据《劳动合同法》第三十六条、第三十九条、第四十条、第四十一条规定了用人单位可以跟劳动者解除合同的情形。除此之外，用人单位与劳动者单方解除劳动合同一般会构成违法解除。
结合您的情况，公司行为是否合法主要取决于公司辞退您所依据的员工手册的规定是否合法有效。对此，可以从以下几点进行分析:
1、公司的员工手册的内容、制定程序是否合法;
2、员工手册是否向员工出示过;
3、如果是在员工入职后新制定的手册，是否有员工的认可(一般要有员工签字)。
只有在符合了以上条件的情况下，此员工手册对员工才具有约束力，公司据此作出的决定才有效。公司没有严格按照法律规定制定并公布了员工手册，则公司辞退您的行为就是非法的。
因此，用人单位因劳动者旷工单方解除劳动关系是否合法也要看具体情况，看员工是否严重违反公司纪律。
违纪行为有没有追诉时效
违纪行为不是属于犯罪行为，而追诉时效适用的是刑事犯罪，所以违纪行为是不适用追诉时效规定的。
《中华人民共和国刑法》
第八十七条【追诉时效期限】犯罪经过下列期限不再追诉:
(1)法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年;
(2)法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年;
(3)法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年;
(4法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。