FBI：
226 格斗游戏的陷阱（上集）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 诡密的乘客（上集）
231 诡密的乘客（下集）
258 来自芝加哥的男子（上集）
259 来自芝加哥的男子（下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件
425 Black impact ! 被组织的魔掌触碰的瞬间
484 "黒い写真の行方（前编）" [黑色照片的去向（前篇）]
485 "黒い写真の行方（后编）" [黑色照片的去向（后篇）]
漫画中:582-586 595-609
赤井秀一的女朋友是哀的姐姐，宫野明美．
File.600 听天由命
朱蒂他们继续开会商讨应付组织成员的对策。虽然已经到了很危险的境地，但是，依然决定不到万不得已，不冒险将水无怜奈从杯户中央医院转移出去。在讨论的同时，朱蒂也注意到了那位有点面熟的FBI成员。而赤井秀一的情绪好像有些不稳定，又想起明美遇害的事情了吗？
另一方面，FAMILY餐馆里，某位顾客忽然腹痛难忍，整个餐馆里的人集体食物中毒；TR杯户站，候车的乘客忽然闻到一股怪味，眼睛、喉咙很不舒服；杯户电影院突然发生了火灾，现场一片混乱。得知这一切的赤井，嘴角露出了一丝自信的微笑。
那时，快递人员送来一盆洋牡丹给詹姆斯，正式宣战。而委托人竟然是前一天自杀身亡的组织成员楠田。正当朱蒂他们进一步揣测组织送花的用意之时，3起突发事件的受害人大量涌入杯户中央医院。朱蒂和詹姆斯担心组织成员乘机混入医院，熟知组织的赤井坚信组织成员不会冒险乔装进入，一定是另有打算...
此时，洋牡丹的花盆里突然发出了奇怪的声响，这声响越来越大...
File.601 掩饰
赤井他们从花盆里找到了一个定时炸弹，31分14秒之后将自动引爆。由于炸弹的分解似乎很费时间，朱蒂打算开车将炸弹扔到7公里外的垃圾场去。可是，3起事故不但造成了大量伤员涌入医院，还造成了交通大阻塞。留守在医院的赤井和柯南，察觉到这是黑衣组织故意将FBI引出医院的一个圈套。
此时，朱蒂在那个可疑的FBI的带领下，打算抄近路去垃圾场，却依然遭遇了塞车。可疑的FBI用计顺利地取代了朱蒂司机的位置，朝着垃圾场的反方向飞驰而去。最后时刻，炸弹被扔入了海中，成功处理完毕。
医院这边，拥挤的人群中，柯南和赤井意外地又发现了很多来自楠田陆道的快递包裹，接收人是各个病房的患者。这些快递包裹里，全部隐藏着炸弹，每个炸弹的威力足以炸掉一个病房。幸运的是，这些炸弹的引爆时间设定在5点，现在离5点还有4个小时。柯南和赤井推测，黑衣组织根本没打算营救水无怜奈，他们是想杀人灭口。
朱蒂他们前往一个个病房搜查炸弹的踪迹，却惊讶地发现水无怜奈出现在TV上...
File.602 最终手段
水无怜奈在TV上的出现，引起了FBI的慌张，众人的第一反应就是赶往水无怜奈的病房查个究竟。柯南和赤井瞬间洞悉了黑衣组织狡猾的伎俩，可是，已经来不及阻止飞奔而去的FBI们。
在水无怜奈的病房，大家看到了还在昏迷中的水无怜奈。而那段在TV上的影像，只不过是利用了水无怜奈入院时的影像合成制作的。而黑衣组织的目的，就是让搜集了炸弹的FBI们聚集，从而通过炸弹上的发报机查出水无怜奈的正确方位----第4病栋307室。
由于水无的行踪暴露，詹姆斯决定采取早上说起的最终方案----用3辆车搅乱组织的视线，乘机将水无怜奈运出医院。柯南提议用博士的甲壳虫运送水无怜奈。可是，赤井阻止了柯南，不再让柯南参与，并说受柯南启发想出了绝妙的方法。
运送水无离开的重任，落在了那名可疑的FBI卡梅尔身上。朱蒂突然意识到卡梅尔撒了谎，却没有当着众人的面揭穿他，打算私下找他问问，却被他弄昏了过去......
File.603 任务
为了混淆黑衣组织的视线，FBI们分开乘3辆车护送水无怜奈离开。装载水无怜奈的那辆车，是由卡梅尔驾驶的。但是，伏特加、chianti（奇扬第）、colum他们的车早已守候在医院外面！而赤井的车里，坐着柯南，贝尔摩紧随其后...！
根据测温仪图像上的数据，伏特加他们判定，赤井跟着的那辆车装载着水无怜奈。Gin看穿了FBI的把戏，说那只是假象，水无在卡梅尔开的车里。卡梅尔被黑衣组织包围了...。
卡梅卡运用高超的驾驶技巧努力甩开黑衣组织，却被恢复意识的水无打晕了。紧急刹车后，水无跳车顺利逃脱。那时，车子发生了爆炸，上面还载着卡梅尔...。
找回了水无的黑衣组织，碍于爆炸引来的看热闹的人越来越多，只得迅速撤退...。
此时，卡梅尔说了一句“成功了...”。赤井对卡梅尔说，“你辛苦了...”难道，这也是柯南和赤井的计划！？
File.604 姐弟
将水无怜奈还给组织，原来是柯南和赤井计划中的事情。
事件前一晚，赤井匆匆离开水无的病房，装成参加紧急会议的样子，故意制造机会让本堂接近、并叫醒了水无怜奈。然后，柯南突然出现，讲述了本堂因为白血病的手术，血型从O型变成了AB型的事情。随后，挑明了水无是CIA的事实。
水无和本堂的父亲，作为CIA的NOC先后潜入黑衣组织。但是，由于水无的失误，两人秘密接头的事情败露了。本堂的父亲为了洗清水无是CIA的NOC的嫌疑，牺牲了自己。而水无之前接触毛利小五郎，是希望小五郎能够保护瑛佑。
本堂身上的一切谜团慢慢解开了...赤井和柯南却向水无提出了让她重新回归组织的请求...
自己的补充：491 红与黑的碰撞 开端 492 红与黑的碰撞 血缘 493 红与黑的碰撞 绝叫 494 红与黑的碰撞 冥土 495 红与黑的碰撞 昏睡 496 红与黑的碰撞 侵入 497 红与黑的碰撞 觉醒 498 红与黑的碰撞 搅乱 499 红与黑的碰撞 伪装 500 红与黑的碰撞 遗言 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职
563 侦探团VS强盗团(骚乱) 564 侦探团VS强盗团(沉默)
578 召唤危机的红色预兆 579 黑色13的暗示 580 逼近黑色时刻 581 红色的摇摆目标
参考资料：http://zhidao.baidu.com/question/167878488.html