法律分析：网上申请超限运输证流程： 1.注册：申请人进入跨省大件运输并联许可平台注册，申请人注册地所在省级公路管理机构审核； 2.申请：注册审核通过后，申请人凭用户信息进入跨省大件运输并联许可平台，提交申请； 3.受理：起运省省级公路管理机构统一受理；
法律依据：《中华人民共和国行政许可法》 第二十九条 公民、法人或者其他组织从事特定活动，依法需要取得行政许可的，应当向行政机关提出申请。申请书需要采用格式文本的，行政机关应当向申请人提供行政许可申请书格式文本。申请书格式文本中不得包含与申请行政许可事项没有直接关系的内容。
申请人可以委托代理人提出行政许可申请。但是，依法应当由申请人到行政机关办公场所提出行政许可申请的除外。
行政许可申请可以通过信函、电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出。