行政事业单位预算管理，包括全额预算管理、差额预算管理和自收自支管理。
1．全额预算管理：即没有稳定的经常性业务收入或收入较少的(一般占单位经常性支出的百分之三十<不含>以下)，各项支出全部或主要由国家预算拨款供应的单位，实行全额预算管理。
(1)对全额预算管理单位实行多种形式的预算包干、结余留用、超支不补的预算管理办法。主要形式有：经费和任务挂钩，一年一定；核定基数，比例递增(减)；包死基数，一定几年等。各单位可结合本单位实际情况，报经主管部门或财政部门批准，执行其中某种管理形式。
(2)对有条件逐步向差额预算管理过渡的全额预算管理单位，单位主管部门和财政部门应促其向差额预算管理过渡。即凡是有一定收入的全额预算管理单位，财政部门应会同单位主管部门对其收入规定一定的比例或数额，抵顶事业费预算拨款。
2．差额预算管理：指有一定数量的稳定的经常性业务收入，但还不足以解决本单位的经常性支出，需要财政补助的事业单位，则实行差额预算管理。
(1)对差额预算管理单位实行核定收支、定额(或定项、差额)补助、增收节支留用、减收超支不补的办法。
一、定额补助，结余留用。即国家财政对于支大于收的预算单位，根据其收入和支出的情况，选择一个特定的业务计垦单位(如医院的病床数)，核定基数，确定补助定额，计算同年度差额补助数，由国家预算拨款定额补助，由单位安排使用，自求平衡，结余留用。
二、定项补助，结余留用。即财政部门对事业单位的全部收支进行管理，根据收支情况，确定一个或几个支出项目，按照基数和定额，核定单位年度预算补助数额，其余项目的支出，由单位业务收入抵支，结余留用，超支不补。
三、差额补助，结余留用。即国家财政核定单位收支预算，单位收入抵补其支出后的差额，由财政拨款补助，年终结余由单位自行安排使用。
(2)对有条件逐步向自收自支管理过渡的差额预算管理单位，应逐步减少事业费补助，在其主管部门会同财政部门规定的年限内达到经济自主，实行自收自支管理。
3．自收自支管理：即有稳定的经常性收入，可以解决本单位的经常性支出，但尚未具备企业管理杀件的事业单位，实行白收自支管理。主要包括以下五种形式：
(1)对自收自支管理单位实行核定收支、增收节支留用、减收超支下补的办法。
(2)收入大于支出较多的单位，在核定其收支数时规定其收入的一部分上交财政，或上交主管部门。上交主管部门的部分可抵顶财政对该部门的事业费拨款，具体核定比例或数额由财政部门会同单位主管部门确定。
(3)实行自收自支管理的事业单位，其单位的事业性质不变，职工的工资、福利待遇等均执行国家对事业单位的有关规定。
(4)实行自收自支管理的事业单位仍属预算内事业单位，按照国家规定编报年度财务收支计划和决算，接受财政、审计等监督。
(5)对有条件向企业管理过渡的自收自支管理单位，其主管部门和财政部门应规定期限，促其实行企业管理。实行企业管理后，执行国家对企业的有芣规定。
行政事业单位预算管理是财政部门同行政事业单位的主管部门之间，行政事业单位的主管部门同所属的行政事业部门之间关于财政资金的分配使用，领拨缴销的方法、形式，以及责任、权力与利益划分的基本组织制度。
现行行政事业单位的预算管理级次分为三级，即：
1．一级预算单位。
它直接向同级财政部门编报预算，领拨缴销预算资金。有些一级预算单位，同时负责核定所属单位预算，向所属单位转拨汇缴预算资金，也称为主管预算单位。
2．二级预算单位。
它向上一级预算单位或上级预算单位编报预算，领拨缴销预算资金，并负责核定所属单位的预算，向所属单位转拨汇缴预算资金。
3．三级预算单位，也称基层预算单位。
它向二级预算单位或直接向一级预算单位编报预算，领拨缴销预算资金，没有所属预算单位。