日本群岛位于北太平洋西侧，是太平洋西缘一系列弧形岛屿的一部分，包括北海道、本州、四国、九州四个大岛和附近3000多小岛组成。其中四个大岛占日本总面积的 98%，以本州岛为最大。
因这些岛屿属日本领土，故称日本群岛。日本群岛的形成可以追溯到远古时代，它与亚洲大陆原为一体，位于中国大陆东部边缘地带。后来由于环太平洋的造山运动，地壳连续不断的发生剧烈变动，使日本与亚洲大陆分离。
日本群岛，冬无严寒，夏无酷暑，雨量丰沛。最冷月一月平均气温除本州北部和北海道低于0℃外，其余均在0℃以上；最热月出现在八月，在海洋气团的影响下比较凉爽，平均气温大部分地区在20℃以上。雨量丰富，年降水量在800～2500毫米之间；以日本海沿岸和南部沿海最多，年降水量1500～2000毫米，最高可达3000毫米以上；濑户内海沿岸和北海道北部、中部降水较少，但也有700～900毫米。
群岛降水不但丰富，而且季节分配也比较均匀，但每年有两次高峰，一在六月中旬到七月中旬，为梅雨期；另一次在九月，为热带气旋雨。此外，在日本海沿岸冬雨较多，而太平洋沿岸则夏季多雨。
从日本各地更新世的地层处，通过考古，发掘出了长毛象等20多种象的化石，以及虎、犀牛、鹿等大型动物的化石。
在今天的日本列岛，还发掘出了很多兽类动物的化石。那些现已灭绝的动物，是在日本依然由大陆架和大陆相连的各个时代从亚洲大陆到达日本的。根据上述古生物学的化石资料，以及地质学研究的证据，科学家推断大陆架形成的年代，最近的可以追溯至距今约2、3万年前，在此之前是5、6万年前，最久远的则可以追溯至10多万年前。
在距今约1万年前的冰川后期，由于海底地壳隆起、海面上升，日本列岛最终形成。
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