洋山深水港区总体规划是依托大、小洋山
岛链形成南、北两大港区，采用单通道形式，分四期建设。规划至2020年，北港区 (小洋山一侧)可形成约11公里深水岸线，建成深水泊位30多个， 预算总投资 500 余亿元，建成后的
洋山港区集装箱年吞吐能力达1300 万TEU，
上海港洋山深水港区将跻身于世界大港之列。 大洋山一侧南港区岸线将作为2020年以后的规划发展预留岸线。从远景看，洋山港区发展潜力巨大，总体规划共可形成陆域面积20多平方公里，深水岸线20余公里，布置50多个超巴拿马型集装箱泊位，形成2500万标准箱以上年吞吐能力。
洋山港将主要承担腹地内远洋箱源和国际中转箱业务，集装箱规划吞吐量 2005 年为 220万TEU，2010年为550万TEU，2020年为1340万TEU 。规划船型以第五、六代集装箱船为主，并可考虑接纳 8000TEU超大型船舶。
一期规划
洋山深水港区一期工程主要由以下三部分组成：洋山深水港区、
东海大桥和芦潮辅助作业园区。三者之间在总体布局、功能定位、业务运作等方面有机衔接，联为整体，共同构成洋山深水港区项目的港口核心。深水港一期工程在小洋山至镬盖塘一线先期建设5个集装箱深水泊位，码头岸线全长1600米，码头前沿及航道设计水深约15.5米，可停靠第五、第六代集装箱船，同时兼顾8000TEU的大型集装箱船舶靠泊作业。设计年吞吐能力220万TEU ，实际通过能力将达300万标准箱以上。港口水域面积316. 7万平方米 ，陆域面积134 万平方米。码头堆场面积86万平方米，平面箱位25386TEU，箱容量90050TEU，重箱堆5层，61110TEU，空箱堆场23979TEU，危险品堆场3136TEU，冷藏箱堆场1825TEU 。码头配置外伸距为 65 米 、负荷量65T的集装箱桥吊共15台；堆场配置40.5T、60T的龙门起重机45台；堆高机8台；正面吊2台；集卡68辆；港区设置集卡进场道口12道，出口道口7道。
二期规划
根据
上海市政府统一部署，并结合洋山深水港区开发进度安排，一期工程西侧的二期工程4个泊位、1400米岸线2006年底基本建成并投入试运营。届时整个洋山港通过能力将超过550万TEU。
编辑本段洋山港航运优势
上海市副市长、洋山保税港区
管委会主任
杨雄在市政府新闻发布会上表示，洋山深水港区一期工程建成开港、保税港区封关启用，标志着上海国际航运中心建设取得了重大突破，为加快确立
东北亚国际航运中心地位，推进我国由航运大国迈向航运强国，创造了更好的基础和条件。
洋山深水港区和保税港区是上海国际航运中心的核心工程。洋山深水港区一期工程投入运营，在国际航运中心硬件设施方面取得重大突破将改写上海没有-15米以上深水航道和深水码头、泊位的历史，第五、第六代集装箱船可以全天候满载进港作业，为提升上海港的枢纽地位，加快国际航运中心建设，提供了非常好的硬件设施条件。
与此同时，上海国际航运中心洋山深水港区开港暨洋山保税港区的启用，在国际航运中心“软环境”方面取得重大突破。国际航运中心的形成，只有硬件还不够，还必须有软件支撑，要有吸引力的国际中转政策。2005年6月，国务院正式批准设立我国第一个保税港区——洋山保税港区。它由规划中的小洋山港口区域、东海大桥和与之相连的陆上特定区域组成。其中，小洋山港口区域面积2.14平方公里；陆地区域位于上海市
南汇区芦潮港，面积6平方公里。洋山保税港区实行封闭管理，港区和陆地区域参照出口加工区的标准建设隔离监管设施。
洋山保税港区集目前国内保税区、出口加工区、保税物流园区三方面的政策优势于一体。主要税收政策为：国外货物入港区保税；货物出港区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税；国内货物入港区视同出口，实行退税；港区内企业之间的货物交易不征增值税和
消费税等。洋山深水港区与洋山保税港区两者互为依托、相辅相成，既大大提升了航运基础设施的能级，又扭转了我国与周边国家港口竞争的政策劣势，对显著增强上海国际航运中心的集聚辐射和国际中转功能，具有非常重大的促进作用。
上海洋山港具有以下四点优势：
优势一：具备建设-15米水深港区和航道的优越条件。洋山海域潮流强劲，泥沙不易落淤，海域海床近百年来基本稳定。
优势二：能确保船舶航行及靠离泊安全。港区工程方案经过模型试验反复论证，表明工程实施后，对自然条件基本无影响，能维持原有水深，而且大小洋山岛链形成天然屏障，泊稳条件良好。
优势三：工程技术经济可行。工程水域地质条件良好，具备建港条件；另外，建设长距离跨海大桥世界上也有先例。
优势四：符合世界港口向外海发展的规律。