政府债券与公司债券的主要区别是安全性不同；发行时期的利率不同；发行的金额不同；税收待遇不同。
由政府发行向公众筹措资金的债券，称为政府债。广义上的政府债券还包括地方政府债、政府所属机构债等；公司债指公司发行、向公众筹措资金的债券。
根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，个人投资的公司债券利息、股息、红利所得应纳入个人所得税，但国债和国家发行的金融债券的利息收入可免纳个人所得税。因此，在政府与其他证券名义收益率相等的情况下，如果考虑税收因素，持有政府债券的投资者可以获得更多的实际投资收益。
公司债券是遵照《企业债券管理条例》第十八条“企业债券的利率不得高于银行相同期限居民储蓄定期存款利率的40%”的要求执行的。