ETC记账卡的年费扣款机制依据绑定的支付方式有所不同。如果绑定的是储蓄卡，系统会在出高速时直接从储蓄卡余额中扣除费用，只要储蓄卡内余额充足。另一方面，如果绑定的是信用卡，ETC会从信用卡额度中扣除费用，然后在规定的还款日时，将已扣款项返还。银行在推荐办理ETC时，通常倾向于信用卡，因为信用卡通常有消费限制，这有助于持卡人进行提前消费，同时控制风险。
值得注意的是，ETC的扣款过程有一个特定的记账日，这个日期之后的20天即为还款日。因此，在办理ETC业务时，建议储蓄卡预留几百元余额以备不时之需，这样可以更方便地管理账务。同时，信用卡用户也要确保在还款日前的消费额度在控制范围内，避免因扣款问题产生额外困扰。