木瓜蛋白酶生产是通过一系列复杂的步骤进行的，每种方法都旨在从木瓜中提取这种重要的酶。在第一种方法中，首先将干木瓜与乳液硅藻土、沙子混合，再加入0.04mol·L-1的半胱氨酸进行抽提。接着，通过过滤步骤，得到粗提取液。此液再加入NaOH调整pH至9，并进一步过滤去除不溶物，然后通过沉淀、离心步骤，去除不溶物。接下来，加入(NH4)2SO4进行沉淀，离心沉淀后，加入0.02mol·L-1的半胱氨酸调整pH至7，再次进行溶解。最后，加入NaCl固体，沉淀，离心，加入0.02mol·L-1的半胱氨酸调整pH至6.5，再次溶解，进行冷冻、离心、重结晶，并最终在40℃下冷冻结晶，使用水和NaCl进行重结晶，得到成品。
第二种方法涉及到从未成熟的木瓜果实中提取胶乳。经过沉降、凝固和干燥后，即可获得产品。这种方法相对直接，适用于批量生产。
第三种方法同样是从木瓜的未成熟果实中提取乳液，然后通过凝固、沉降和干燥过程，得到粗制品。工业上，这类粗制品往往被广泛使用。
这三种方法各有优劣，但目标都是高效、精确地从木瓜中提取出木瓜蛋白酶，满足各种应用需求。通过这些方法，可以确保木瓜蛋白酶的稳定性和活性，满足生物医学、食品加工、化妆品等多个领域的需求。
木瓜蛋白酶，是一种蛋白水解酶，可将抗体分子水解为3个片段。是番木瓜中含有的一种低特异性蛋白水解酶，活性中心含半胱氨酸，属巯基蛋白酶，应用于啤酒及食品工业。