宋教仁于三月二十日晚十时许，搭乘火车前往北京，到达沪宁车站后，与送行者一同进入为议员准备的接待室休息。十点四十分，吴仲华前来通知宋上车，一行人包括拓鲁生、黄兴、陈劲宣、宋教仁和廖仲恺等人依次出门。在车站入口剪票处，宋教仁刚伸手取票，突然一声枪响，他捂着腰部大喊遭遇刺客。一名穿黑呢军装的矮个男子从人群中仓皇逃逸。
送行的于右任等人还在接待室中交谈，听到枪声后急忙赶往月台。于右任在混乱中镇定地指示，一方面要追捕凶手，一方面立即送医。他找到一辆汽车，将宋教仁送往靶子路的沪宁铁路医院。在车上，宋教仁神志清醒，他向于右任交代了遗愿：将存书捐给南京图书馆，照顾贫困的母亲，并希望朋友们继续为国家奋斗，不要因他而放弃责任。
抵达医院后，宋教仁伤势严重，先后接受格尔本医师和比林哈斯医生的紧急救治。他们发现子弹有毒，手术中宋教仁痛苦呻吟，表达了对调和南北努力被误解的遗憾。次日凌晨两点，再次手术后，宋教仁神志不清，反复说着对外交统一的执着。然而，宋教仁病情在二十二日清晨恶化，他喃喃说着“一致对外”的话，最终在上午四点黯然离世，留下黄兴、于右任等挚友悲痛不已。
宋教仁的离世，年仅33岁，正值壮年，他的政治生涯和革命贡献在这一瞬间戛然而止。他的去世，对国家和民族是一大损失，他遇刺的真相和背后的故事成为历史的一段沉重记忆。
[1] 宋教仁遇刺民国2年3月20日，宋教仁自上海动身赴北京。这时全国各省正式的参众两院议员已选出，纷纷北上，宋以国民党代理党魁身份，选举后变成了国会中多数党的领袖，如果按照形势，他必然成为责任内阁的阁揆。