在神秘的海洋世界中，一艘名为"卡拉屯号"的特殊船只在沙漏巫师的引领下，探索到了沉船东巴号的宝藏地点。船员们收获了无数金银财宝，而巫师的目标则是一个名为魔球的神秘物品。魔球的出现引发了海浪的动荡，它揭示了一个惊人的秘密：仙女之城藏着一本终极魔法书，拥有它的人可以成为世界的统治者。然而，打开城门的关键是一把渔村小女孩海婴手中的钥匙。
巫师为一己之私，利用魔法控制了"卡拉屯号"，变为海盗船，将船长遗弃，自己取代了船长的位置。在渔村庆祝渔火节的日子里，海婴和爷爷相依为命，爷爷决定捕捉海中的漂亮贝壳作为礼物。意外的是，爷爷捕获了两条兄弟鱼，它们成为了海婴的亲密伙伴。在渔火节的比赛中，海婴和兄弟鱼凭借默契，赢得了冠军，将奖品新雨蓑赠予爷爷，爷爷从此捕鱼无忧。
然而，巫师不择手段，他驾驶海盗船逼近渔村，海浪精灵试图阻止却失败。海浪精灵送给海婴一个仙女结，赋予她特殊能力。在巫师的干扰下，海婴得知了更多秘密，决定释放兄弟鱼。巫师乔装成艺人企图抓走海婴，关键时刻，海龟奶奶出手相助，但海婴被巫师控制的默默所骗。在关键的时刻，海婴勇敢跳入海中，平安结保护了她，让她能在海底自由游动。
巫师用魔法追踪海婴的脚印，试图通过控制海婴。他让默默引诱海婴，但海婴和默默结为朋友，发现巫师的汤含有魔法。海婴揭露了巫师的阴谋，与默默计划逃离。他们成功逃脱，但巫师又设计了一个陷阱，利用魔球研究出控制海婴的新方法。在一系列冒险中，海婴揭示了巫师邪恶的计划，她的身世也逐渐明朗，母亲竟是明慧仙子，居住在仙女之城。
海婴回到海族世界，寻求帮助，却得知无人知晓仙女之城的位置。在北冰洋的中心，巫师与章鱼香子联手，再次抓到海婴。巫师承诺带海婴寻找母亲，实则意图寻找邪恶魔法书。在仙女城的冒险中，海婴发现母亲被封印，明慧仙子揭示了封印背后的真相。在危险中，海婴勇敢面对，最终找到制服烈焰魔王的关键——水晶剑和大钟的敲响。
魔幻仙踪是一部大型全三维动画电视连续剧，剧本围绕小主人海婴、默默及周围水族动物在海洋世界中，所发生的各种各样的惊心动魄、浪漫感人的故事。塑造了一个个善良、勇敢、诚实的人物形象。并通过他们所经历的充满奇趣、幻想的历险，表达了积极乐观，不畏艰险的主题思想。