所谓自然辨证法，大致就是一些马克思主义的科技哲学的观点。自然辩证法的三大规律是：量转化为质和质转化为量的规律，对立的相互渗透规律，否定的否定的规律。可以从这三个角度对这句话进行分析，当然也可以从科学哲学角度对此进行分析。
这句话，讲的是科学进步的问题。“自然科学在思维着”即是指自然科学在进步之中。可以从本体论、认识论等方面来对这句话进行理解。
1。本体论角度。
这句话潜在的指出，科学在本体论意义上就是思维。思维是意识对客观实在的反映。思维的进步过程是一个辩证发展的过程，也就是肯定、否定以及否定再否定的过程。在思维中的肯定，就是提出一种“理论”。由于在辨证发展的过程中，这个理论必然要被“否定”以及“否定再否定”。所以这种理论只能是一种假说。恩格斯的这句话体现了自然辩证法中的否定的否定规律。
2。认识论角度
在认识论方面，这句话表明，人们对自然的认识也是一个辩证发展的过程。意识或者思维只是对物质的反映，因而并不直接表明物质的真实情况，也无法达到真理。但是这并不表明人类的意识无法进行认识。意识有主观能动性，可以通过思维提出各种假说，从而对物质界进行认识。由于认识都是建立在假说的基础上的，所以自然科学的进步就是不断提出更好的假说的过程。
参考资料：恩格斯《自然辩证法》