伴随着一声玻璃的碎裂声，扎克斯从那个囚禁他的容器里逃了出来，听到声音的研究员赶了过来却被扎克斯一拳打晕在地，救出克劳德，根据边上的实验分析报告看来，两人的实验都失败了，扎克斯是因为对杰诺瓦细胞的抗性太强，导致没有出现预期效果，而克劳德则是因为对杰诺瓦细胞的抗性太弱导致魔晃中毒，报告上写着“很难再恢复”，而反观克劳德，确实样子很糟糕，像一具失去了灵魂的躯壳一样，对身边的一切都毫无反应。
一路排除威胁将克劳德背回村子（中途可先去神罗公馆2层左侧左手边房间内的柜子中取得战士服装，稍后有用），扎克斯突然发现村子中的一切都恢复了原样，好象被火化为灰烬的事情从未发生一样。此时突然赶来了一队神罗的士兵，“别放走了实验素材！”“哼，你们这些普通士兵可不是对手！”此时玩家要做的就是在士兵将克劳德抓走前全部消灭，用大范围的回转攻击可达到事半功倍的效果。（此过程中会收到神罗发来的新闻，报道萨菲罗斯和扎克斯等人皆已殉职的消息）。
“呃……果然身体状况不是很好，连对付普通士兵都如此费力，看来还是先回神罗公馆休息一下吧！”扎克斯又搀扶着克劳德回到了神罗公馆大屋。克劳德还是那样子，无论扎克斯怎么和他说话，他都毫无反应。“莫非是魔晃中毒……”看着眼前形同行尸走肉的克劳德，扎克斯无奈的躺在了地上，“安吉尔……难道我真的谁都救不了么……”
“算了，先给你换身衣服吧！穿着这身沾满魔晃的衣服想恢复也难，虽然有点大，但还是别那么挑剔了！”扎克斯把找到的战士服装给克劳德换上，“呵呵，还挺合身的嘛！”此时无意间，扎克斯摸到了临行前艾丽丝给他的纸条，想起了那时的情景……
“那些小小的，就在附近，听说了么？”“恩？多少个？”“恩~23”“你还是写在纸上吧，我怕忘了！”“23个小小的希望，虽然扎克斯可能感觉不到，但把这些合在一起，就是希望可以和扎克斯在一起的时间能够长一些……”
“呐，克劳德，我要回米德加鲁，你要一起么？”扎克斯坚定了语气，他一定要回去见艾丽斯。
搀扶着克劳德，扎克斯再次踏上了行程。在尼布尔海姆附近，神罗安排了大量的侦察兵器。此时玩家会有两种战斗方式：1，用地上的狙击枪将远处的侦察机器破坏或赶走；2，和普通战斗一样将侦察机器击破。其中每击破一个侦察机器便可以获得一点击倒点数，可用来强化狙击枪。
一路排除侦察兵器来到了海边，“啊~终于到了个平静的地方了。克劳德现在这个样子，我也不能乱来。安吉尔，我到底该怎么办……呦，西斯内，好久不见了啊！”虽然是轻手轻脚的接近，但西斯内还是没有逃过扎克斯超越常人的洞察力。
“扎克斯，那个逃走的实验素材，就是你么？”“可以这么说吧。”“在实验室里究竟发生了什么？”“发生了很多很多事，啊，西斯内，你是来抓我的么？拜托了，让我们走吧！从军队手中逃跑还好，但如果塔克斯也参与进来的话就棘手了。”“对不起，扎克斯……这是……任务，我不能放你走。”说罢西斯内向扎克斯发起了攻击，不过被扎克斯轻松挡回了。
“不要过来！”扎克斯举起剑，“再过来，我可就要动真格的了！”说完扎克斯急忙离开了。
“连塔克斯也参与进来了，现在行动很危险，今晚我们就在这里休息吧，明天一早再出发。”虽然知道克劳德听不见，但扎克斯还是不断的尝试和他说话。此时西斯内却又出现在了面前。
“他就是和你一起在尼布尔海姆被回收的？”西斯内注意到了克劳德。“你怎么又来了？不是和你说过不让你来的么？”扎克斯进入了警戒状态。“他样子看起来很奇怪啊，发生了什么？”“魔晃中毒。”“那很严重啊，是实验导致的么？”“是啊。”
说完西斯内拿出了手机，“西斯内，你！”扎克斯见状有些慌乱。西斯内则冲他做了一个不要说话的手势。“曾么？目标逃跑了！”
“谢谢你，西斯内。”“送你个礼物，如果你信任我，就收下吧！”西斯内塞到扎克斯手里一件东西后便离去了。
有了西斯内赠送的神罗制摩托车，两人行动快了很多，可就在扎克斯高兴的时候，杰奈西斯和他的复制体突然出现在了他面前，而由于疏忽，还未动手扎克斯就已经先被制服了。“你想干什么？啊，好疼啊，不要拽我的头发！””[当怪兽让这个世界的战争终结时，灰色的天空将会有女神飞舞降临，展开光与暗的翅膀，将人们引向幸福，和“礼物”一起……]杰奈西斯在说着老台词的同时，眼神望向了扎克斯身边士兵的手。“啊！我的头发！”原来刚才那阵疼痛是因为一撮头发被拔了下来，此刻那撮头发就在旁边杰奈西斯复制体的手里。
“听说宝条拿你做了实验，用杰诺瓦·S计划对你进行了加工使你继承了杰诺瓦的力量。”“真的发生了这种事吗……”扎克斯其实自己也不太清楚他昏迷的那段时间到底发生了什么。此时，边上的杰奈西斯复制体突然将扎克斯的那撮头发吞了下去。“不是吧？你吃了我的头发？！”
“这个细胞就是我所说的[女神的礼物]，它可以阻止我的退化。”
扎克斯争拖开两名杰奈西斯复制体，“你到底想要干什么？！”“除了得到怪物的细胞，其他的一切都不重要。”“你自己不就是怪物吗！”
说完，杰奈西斯又念叨着《loveless》里一个新的片段离去了，而身后刚刚吞下扎克斯头发的杰奈西斯复制体却开始有了巨大的反应——他变成了一只怪兽……
BOSS战：获得了杰诺瓦力量的怪兽实力果然不一般，此BOSS的攻击频率较高，且范围大伤害大。不过还是有一定规律可循的，当扎克斯在他左边攻击的时候他就会挥动左边的爪子攻击，在他右边的攻击的时候则是挥动右边的爪子攻击，且挨一刀之后必定反击。玩家可利用这个特点，分别在两边攻击，以“砍一刀+向BOSS身后回避的频率攻击即可。BOSS没有什么厉害的魔法，但极限技还是会扣大量的HP的，请随时注意HP剩余量。
"安吉尔，究竟我该怎么办……”看着身旁中毒甚深的克劳德，无助的扎克斯此刻十分想念自己的前辈，但自己也只能坚强起来继续前行。
"哎？克劳德，我回到乡下了！这里是，空加加（コンがが，扎克斯的故乡）“。不过这里已经变成了废墟。为了确认安全，扎克斯将克劳德藏在一个相对隐蔽的角落，自己向村子深处走去（中间有三个宝箱需要破坏障碍才可得到，里面有一定几率是怪物）。
“你倒是什么都不怕，还到处乱跑”没想到在这里再次见到了西斯内，“你不知道他们很有可能在你的故乡等着你么？你是想来看你的父母么？”“哼，一般人回到故乡都会这么干吧。”
“我走了！”扎克斯转身想要离开，“小心点，从这以后的警戒又加强了很多。对了，除了你之外，还有人来过这里。”“谁？”“安吉尔。”西斯内特意拉了个长声。
“哦，是吗？”“是吗？他可是死于你的剑下，你听到他活着，就一点不惊奇？”“我从神罗公馆跑出来，多亏了那个家伙呢。”“原来如此。看来发送回来的目击情报是准确的。”
“不过，那家伙为什么会到这里来呢？”“除了想见你，还能想出其他的理由么？”
扎克斯突然转向天空，“快跑吧，安吉尔，塔克斯在这里守着呢！”
“我再给你十分钟，然后我就回塔克斯了。”“回去？”扎克斯听到西斯内不抓他而是回去有点意外。“是啊，我可不想报告给你父母让他们悲痛的消息。相比这些，你还是想想到时候怎么和你老婆说吧。”“胡说什么呢你！”“放心吧，你父母很好！”“是吗……那就好。”“对了，西斯内你的父母呢？”“是神罗把我养大的。”“呃……西斯内，不如什么时候让我们的父母认识一下吧，这样他们也许能成为朋友，平常在一起聊聊天什么的。”“呵呵，那就请多多关照了。”
两人扯了一会家常，西斯内就转身离开了。突然远处一个耀眼的白色翅膀吸引住了扎克斯的注意力，“安吉尔！真的是安吉尔！”扎克斯追了上去。
追到山顶，却没想到迎接它的是杰奈西斯复制体和另外一个怪兽。
迅速赶到克劳德处,正好见到霍兰德正要下毒手,关键时刻,安吉尔赶到,阻止了霍兰德,争取了时间.
BOSS战:霍兰德.别看霍兰德很容易被砍翻,他的几个招数还是要注意的."吐息"是最需要注意的招数,中了后会附加很多异常状态,而且是回转攻击,看到他出这招时要立刻以霍兰德为圆心连续回避三次左右才可确保安全.招出的杂兵会重力魔法,要小心,第一时间回转攻击消灭.他无敌时我们就没有办法了,回避的同时做点恢复HP,加状态的事情吧.霍兰德的极限技"亚空间导弹"一次也会扣相当程度的HP,注意HP剩余量.
"好久不见啊!你怎么变成这样了?""是啊,不能像战士1ST那样战斗了."原来那个并不是安吉尔,而是"安吉尔复制体"——神罗战士最高统帅拉扎德。
"你为什么把霍兰德从朱诺带到这里来?为什么你要这么做?"扎克斯质问道."为了复仇,我需要霍兰德的力量.""你选错伙伴了,伙计!"
"没想到安吉尔的细胞也被复制了.""是啊,杰诺瓦·G计划的直接结果。”“真不可思议啊！”拉扎德感叹道，“支配我人生的一直是我那挥制之不去的复仇意念，唯一能代替这个的，就是救助你和救助杰奈西斯，不，比这些感觉更强烈的就是，我要拯救世界！”“呵呵，那不是什么不可思议的事情啊，安吉尔就是一直这么做的。”
“杰奈西斯所说的[女神的礼物]究竟是什么？不，不管是什么了，阻止他才是真正要做的事情。”拉扎德说。“我完全听不懂那家伙说的话，你有什么好办法么？”“也许安吉尔能够引导你吧！”“恩，好的，统领！”“呵呵，统领。”拉扎德苦笑了一下，“对了，扎克斯，你的梦想是什么？”“呃……那就是……要成为英雄！”“哈哈，真是个实现不了的伟大梦想呢！”拉扎德说出了和第一次问到扎克斯这个问题时一样的话。“别说那样泄气的话嘛，来吧，借给我你的力量，和安吉尔一起作成这件事，我们就是英雄了，至少我是这么认为的。”“呃，好吧，扎克斯，你知道杰奈西斯的住处么？”
扎克斯看了一眼手中的苹果，突然想到了什么。
“原来如此……”
“笨苹果因为土壤的原因只在巴诺拉有。”
“是啊，杰奈西斯总是拿着那苹果走来走去，要是早些想到就好了。”三人来到了巴诺拉。
“这里变了好多啊！”扎克斯环顾了一下四周，这里已经和第一次他来时没有什么共同的地方了。
“克劳德就交给你了。”“啊！”扎克斯将克劳德托付给拉扎德之后就出发了。
一直没有享受到迷宫探索乐趣的玩家终于能在这最后一章享受下逛迷宫的乐趣了。进入最后的迷宫立刻就可以找到一个“女神的マテリア”，可以先告诉各位，开启最后的最终战大门需要7个这样的“女神的マテリア”，分布在审判之渊和忘却之湖等地，此外这里还有个迷宫，就是“咒缚的监狱”，根据本人观察，是可以打可以不打的，但是里面可以拿到不少好东西，建议还是逛一逛，在审判之渊有一个入口，不过进去后只能拿几个宝箱和看到那个被锁在铁门后的怪物，干不了其他什么事情。真正的进入方法：在忘却之湖有几个生命之泉的光柱，站在上面调查会有怪物出现，这些怪物都挺强的，攻击和HP都很高，不过好在没有极限技能，而且他们身上都可以偷到很不错的东西，而且打倒他们也会有很好的奖励，比如“川陆行鸟的腕轮”等等，如果将这些怪物全打倒就会出现另一个入口了。进去后有很多宝箱，不少好东西，比如令敌人魔法效果无效的魔法剑，最高等级的重力魔法等。推进方法是通过打里面的怪物可以随机获得各种女神的钥匙，唯一需要注意的可能就是那种有三个小圆球的怪物，普通攻击很难奏效，而他们联合起来放的雷电魔法又极其强劲，但是为了得到开启全部通路的女神钥匙必须要打他们，对付他们的方法就是用重力魔法打，待到伤害数字已经很小时再用普通攻击结果它们。在“咒缚的监狱”最深处可以拿到铁栅栏的钥匙（里面还会获得一个研究所的钥匙，还没搞清楚作用），这样就可以去打审判之渊进入咒缚的监狱的入口处那个被锁在铁门后面的怪兽了，它的实力也不弱，而且还有极限技能，不过吃重力魔法，玩家可用刚才获得的最高级重力魔法对付他，待伤害少于9999时就可以用普通攻击结果它了，它的身上也可以偷到不错的东西，别忘了抽空偷。之后进入它后面的门就是通往诀别之门的电梯了。
在诀别之门前将七个“女神的マテリア”安放在台座上，通往最终战的大门开启，不过在此之前先要料理一个怪物，就当作最终战之前的垫场好了。不过此怪能力也不弱，攻击力相当之高，而且速度很快，玩家按照之前在桥上遇到的相同样子的怪的方法打就好了，以“一刀+回避”的频率攻击可保安全，不过一定要注意他的“雷电三连击魔法”，伤害巨大，见到他咏唱此魔法时要迅速避开他的正前方范围。此外，对于所有有极限技能的怪物一样，要时刻注意HP剩余量。
战胜它后，别忘了存个档，之后就可以走入诀别之门了。
BOSS战：杰奈西斯变异。战前大家记得带个火魔法之类的不受空间限制的魔法。杰奈西斯变异体实力果然强大，玩家的普通攻击的攻击时机只有他把剑放在地上的时候，不过此时它还会召唤出一堆杂兵来捣乱，这些杂兵高级火、冰、雷魔法，重力魔法，吸血魔法一应俱全，十分讨厌，因为攻击BOSS的时机非常短，所以玩家只能硬抗了，而且在不能手动精确切换攻击目标的时候这些杂兵就更是烦人了。所以在BOSS把剑放在地上时就冲上去猛用回转攻击吧，即能对BOSS造成伤害还能CANCEL不少杂兵的攻击。不过也不要过于硬抗，该回避的时候也要回避，不然被重力魔法等打中可不是闹着玩的。在BOSS把剑提起来时就只能用魔法打了，不过如果这时候有杂兵的话还是建议先灭光杂兵。
BOSS的攻击在初期就是追踪魔法，注意地面起反映的地方可以很容易靠跑动躲开。第二阶段的最高等级无属性魔法フレア没有可以看到的攻击轨迹，不过远离它看到光闪时按回避也可以躲过，不过那招将MP和AP扣没的那招是强制必中的，所以没有办法，中了之后赶紧吃药回复吧，这些是影响DWM转动的，必须补充。BOSS的极限技好象是按比例扣血的，每次都不太一样，不过还是保留一定的量比较保险。总之这是场考验毅力以及之前道具累计的战斗，没有一定量的补充MP和AP的道具是比较困难通过的。
BOSS战：杰奈西斯。这才是真正的杰奈西斯，普通攻击极其迅速且连续性强，一般都是5、6连斩，中了第一下之后就不好回避后几下了。CG中曾经用过的火球魔法是追踪效果极强的，还是用防御吧。剑型魔法的回避方法是趁他们合拢时向范围外回避即可，另外一种攻击魔法就是正面大范围，紧贴他向其身后回避就可以了。好在他的极限技不是很厉害，这场战斗是考验玩家普通攻击与回避技巧的，总体来说比刚才那场战斗容易很多，杰奈西斯的HP也不高。
接着就开始欣赏最后的cg吧，很美也很伤感的，扎克斯还是死了，而爱丽丝还在默默的等待
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