亳州职业技术学院药学院起源于2003年7月的药学系，作为学校早期建立的二级院系之一，秉持服务于地方经济发展的办学理念。学院充分利用亳州丰富的中药资源和深厚的中医药文化背景，规模不断扩大，特色日益明显。2010年，药学系正式更名为药学院，为国家培养了3000多名在药品生产、调剂、质量检测和营销等领域工作的高素质技能型人才，对学校特色发展和区域经济发展作出了积极贡献。
目前，药学院在校生人数约为3000人，设有中药学、药学、中药制药技术等11个专业，其中中药学和中药制药技术已被评为省级特色专业。学院拥有一支由46名专任教师和38名兼职教师组成的师资队伍，其中包括9名高级职称教师、22名硕士研究生和13名中级职称教师，以及2名省级教坛新秀。学院设有中药、制药技术、药学综合和药学经济四个教研室，教师团队具备良好的学历职称结构，教学经验丰富，科研能力强，参与并完成多项省级以上教科研项目，出版教材逾10部，每年发表教研论文30余篇。
学院拥有8个实验实训基地，其中中药炮制实训中心和中药制剂实训中心是省级示范中心，配备有各类大型制药设备，如制备中药饮片和多种剂型的机械。药物制剂检测实训中心配备有精密的高效液相色谱仪、气相色谱仪和红外光谱仪。中药标本室收藏了大量动植物标本，药用植物园则种植了600多个品种的药用植物，为教学和研究提供了丰富的实物资源。
药学院充分依托亳州的中药产业优势，与安徽华佗国药厂、安徽九方制药厂等多家知名药业企业建立了紧密的校企合作关系，共建了30余家功能多样、管理规范的校外实习实训基地，致力于实践教学与产业界的无缝对接，推动产学研一体化发展。
药学院的全体教职员工秉持“求真、务实、创新、协作”的精神，将继续深化改革，提升教学质量，为培养出更多合格的高素质高技能药学人才，以及推动全省药学事业的进步，贡献自己的力量。