水中所含化学物质及放射性物质不得危害人体健康（不得引起急性中毒、慢性中毒、致癌、致畸形等）。某些地区因地球化学成分异常使得水源水中某些有害的化学物质增多，可以引起地方病，称为 地球化学性疾病。
例如地方性氟中毒、地方性砷中毒等。某些地区因地球化学成分异常使得水源水中某些化学物质减少，也可以引起一些地球化学性疾病。例如碘缺乏病，因硒缺乏引起的克山病、大骨节病等。工业三废污染水体可引起急、慢性中毒（如砷中毒、铅中毒、铬中毒等），可引起癌症（如苯并α芘等），可引起畸形（如二恶英），等等。
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