首先我只能给意见，不强求你的选择权。
第二我只能告诉你如果学完FPGA和ARM都掌握以后是什么样子情况。
了解上面两点以后往下看。
（呵呵，我和你正好是反过来的，我是做的FPGA，到了公司也是做FPGA，但是由于硬件架构问题不得不学习ARM）
我觉得FPGA和ARM孰轻孰重没得比较。但是殊途同归，用经典FPGA结构处理不了的问题就要用ARM来处理，这个是没办法的。器件的最终用途就是帮我们解决问题。
选择1.如果你决定主攻ARM，你学FPGA的优势在于你已经懂ARM了，所以你学习EDA以后有一个优势：
CPU和FPGA的联合的架构，这个是一种解决方案，而且普遍被嵌入式所使用（你非要拿手机给我举例我也没办法，笑~~）因为系统总是分层的，CPU永远工作在应用层，作为FPGA而言，虽然工作在链路层（帮CPU存储数据，速率匹配，接口实现等等）但是这个架构中FPGA需要比CPU跑的更稳定。这个架构的好出就是灵活。CPU外部接口随意扩展，只要自己编写FPGA的程序实现接口就可以。
优势：在了解系统核心算法的前提下，更加了解系统架构。这个是有好处的，因为在使用系统之前肯定是要先架构系统。在上面CPU和FPGA架构下面。FPGA从CPU角度看来充当了内存。从底层角度看来FPGA充当了驱动，那么在这种接口下面，FPGA如果不起来，那么ARM启动也只是半残。不能发挥ARM的所有功能。
（我在给软件程序员讲FPGA和pxa255协同工作原理，他们对于FPGA可以复用地址或者透明双块内存表示惊奇，可以对同一个地址读写出不同的结果表示惊讶，因为他们不了解FPGA的工作方式。FPGA的灵活性他们体会不到。但是你可以。）
选择2：你主攻FPGA方面。
我觉得学校么，对FPGA和ARM都存在一定量的误解，就好像学生或者少数老师会认为：“linux和windows是差不多的东西”“VHDL是按照VC改出来的”等等，这些可能一定意义上面是对的（而且这个一定意义几乎一个反例就能被推翻）。FPGA现在的功能很强，DSP和CPU都是可以内嵌的。而且是软核这点非常好。FPGA现在普及不开的原因主要是成本，本身技术已经成熟。
那么你的优势就在于：你了解FPGA以后，将软内核嵌入到FPGA内部，此时公司不需要另外找人为你的ARM或者CPU进行配置。
参考网站，可以了解FPGA到底是发展到什么情况：
xilinx的市场解决方案：
http://china.xilinx.com/technology/ altera的市场解决方案：
http://www.altera.com.cn/technology/tc-index.html 一句话总结：殊途同归，英雄不问出处，所以学什么，选择什么路不重要，重要的是怎么走和自己的兴趣。