截至2013年9月，成都中医药大学共设17个学院，31个本科专业。
学院设置： 1 临床医学院 2 基础医学院 3 针灸推拿学院 4 药学院 5 管理学院 6 马克思主义学院 7 成人教育学院 8 护理学院 9 体育学院 10 外语学院 11 国际教育学院 12 峨眉学院 13 医学技术学院 14 第二临床医学院 15 民族医药学院 16 公共卫生学院 17 医学信息工程学院 专业设置： 具体专业专业大类专业小类食品质量与安全(本科)工学轻工纺织食品类制药工程(本科)工学化工与制药藏药学(本科)医学药学药物制剂(本科)医学药学中药学(本科)医学药学药学(本科)医学药学护理学(本科)医学护理学针灸推拿学(本科)医学中医医学中西医临床医学(本科)医学中医医学中医学(本科)医学中医医学康复治疗学(本科)医学临床医学和医学技术类医学检验(本科)医学临床医学和医学技术类临床医学(本科)医学临床医学和医学技术类卫生检验(本科)医学预防医学植物保护(本科)农学植物生产类公共事业管理(本科)管理公共管理类生物科学(本科)理学生物科学应用心理学(本科)理学心理学英语(本科)文学外国语言文学类市场营销(本科)管理工商管理类工商管理(本科)管理工商管理类对外汉语(本科)文学中国语言文学类食品营养与检验教育(本科)教育职业技术教育类运动康复(本科)教育体育学类运动人体科学(本科)教育体育学类社会体育(本科)教育体育学类体育教育(本科)教育体育学类注：信息来源。 截至2014年3月学校现有专业技术人员中，具有高级职称者400余人，博士、硕士生导师300余人。其中“国医大师”1人，“973”项目首席科学家1人，全国首届高校教学名师1人，新世纪百千万人才工程国家级人选1人，国家百千万人才工程一、二层次人选1人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者3人，全国优秀教师3人，四川省学术和技术带头人38人，享受国务院特殊津贴专家78人，全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师26人，四川省有突出贡献的优秀专家26人，四川省教学名师8人，四川省首届十大名中医4人，四川省名中医66人。国家级优秀教学团队3个、省级优秀教学团队5个。
国家级优秀教学团队
方剂学教学团队 带头人：邓中甲
中药品质教学团队 带头人：卫莹芳
针灸学教学团队 带头人：梁繁荣
省级优秀教学团队
方剂学教学团队 带头人：邓中甲
中药品质教学团队 带头人：卫莹芳
针灸学教学团队 带头人：梁繁荣
中药学教学团队 带头人： 张廷模 康复教学团队 带头人：金荣疆 截至2014年3月，学校有一级学科博士授权点3个，覆盖中医、中药、中西医结合二级学科16个博士授权点，一级学科硕士授权点7个，二级学科硕士学位授权点49个。设有博士后流动站3个、博士后工作站4个。学校有国家级重点学科4个，省部级重点学科44个。
一级学科博士点：中医学、中药学、中西医结合
一级硕士点：中医学、中药学、中西医结合、药学、基础医学、临床医学、护理学
博士后流动站：中药学、中医学、中西医结合
国家级重点学科：中药学、中医五官科学、针灸推拿学、中医妇科学
省部级重点学科
中药学、中医学、中医内科学、临床中药学、中医内科学、中医五官科学、中西医结合、中西医结合基础、中医眼科学、生药学、针灸推拿学、药学、中西医结合临床、中医妇科学、方剂学、中医妇科学、中医外科学、方剂学、方剂学、中医肝胆病学、生药学、中医内分泌病学、民族医学、中医急诊学、药理学、针灸学、药物化学、温病学、中医临床基础、金匮要略、中医骨伤科学、中西医结合基础、中医养生学、中西医结合临床、中医耳鼻喉科学、中医老年病学、中医肛肠病学、中医护理学、推拿学、民族药学、中药炮制学、中医神志病学、中药毒理学、中医药信息学。 截至2014年3月，成都中医药大学共有国家级特色专业6个、省级特色专业7个，国家级精品课程5门、省级精品课程31门。
国家级精品课程：药用植物学、中药学、针灸学、方剂学、中医眼科学
省级精品课程：中医耳鼻喉科学、康复疗法学、推拿学基础、中医儿科学、中药鉴定学、中医诊断学、伤寒学、骨与关节损伤、中药药理学、中药药剂学、中药制剂分析、内科护理学、医学伦理学、金匮要略、温病学、刺法灸法学、中医妇科学、中医外科学、中药化学、中医基础理论、中医各家学说、中医内科学、护理学基础、经胳腧穴学、中药炮制学、诊断学基础、医学伦理学
国家级特色专业：中医学、中药学、针灸推拿学、中西医结合、中医五官科学、中医妇科学
省级特色专业：中医学、中药学、针灸推拿学、中西医结合、中医五官科学、中医妇科学、藏医学 图书馆
截止至2014年图书馆是西南地区最大的中医药信息中心。
博物馆
成都中医药大学医史博物馆是中国西南地区唯一的医药卫生专业博物馆。辟有四川医药卫生文物资料、西南少数民族医学、四川近现代名医、建国50年来四川中医药著作四个基本陈列，正积极筹建养生保健专题陈列。馆址位于成都中医药大学图书馆九楼，展厅300余平方米，大体分为序厅、陈列主题和复原陈列三部分。
档案馆
截至2013年9月成都中医药大学档案馆现有档案6855卷（盒）；88436件。其中，成都中医进修学校共65卷；党群类476卷、2590件；行政类1541、9636卷；教学类3350卷；基建类93卷；科研类380卷；财会类1716卷、1762件；声像（照片）类27盒、1063张；出版类140卷、948件；仪器设备类60卷、402件；外事类104卷、1025件；人南校区5270件；汪家拐6790件。综合档案室现有设备：复印机1台，计算机8台，空调2台，除湿机2台，铁皮柜118套。
