1965年9月，刚满20岁的贝肯鲍尔入选国家队，随队出征瑞典斯德哥尔摩，争夺1966年英国世界杯决赛圈的参赛资格。他司职前卫，在迎战奥地利、塞浦路斯和瑞典国家队时他锋芒毕露，尤其在对瑞典队的比赛中发挥出色，一举成名，为西德队参加世界杯预选赛取得优异成绩立下了汗马功劳。
1966年是贝肯鲍尔不平凡的一年。这一年他为国家队踢进第一个球；第一次当选联邦德国足球先生；并且第一次参加世界杯足球赛。在初赛阶段他几乎场场得分。在对瑞士队的比赛中他独中两元，全队以5：0击败对手；在对乌拉圭的比赛中他首开记录，鼓舞了全队士气，最后以4：0战胜对手；在对苏联队的比赛中，他用石破天惊的远射攻破了雅辛把守的大门！这是决定性的一球，球队2:1击败对手。他不是前锋，但得分能力甚至超过前锋。决赛中西德队遭遇东道主英格兰队。贝肯鲍尔作为中场队员既要组织和实施犀利的攻击，又要协调全队防守。他出色地将英格兰名将博比·查尔顿盯死，没有让他发挥作用。但最终东道主英格兰队依靠世纪悬案“温布利进球”在加时赛侥幸以4：2战胜西德队。贝肯鲍尔和队友们和当值主裁据理力争“这个球根本没进！”尽管于事无补但贝肯鲍尔给球迷们留下了深刻的印象，行内人士预言一颗能改变世界足坛历史格局的足球巨星已经诞生。
1966年英国世界杯决赛迄今仍然是最具有标志性的世界杯决赛之一，其纷纭的争论和各种踢球风格的混合十分吻合多姿多彩的六十年代。虽然东道主英格兰队在经典的决赛中依靠颇具争议的“温布利进球”侥幸打败死对头西德队而一举成功，但年仅20岁的贝肯鲍尔却大放异彩，这位未来的“足球皇帝”在西德队进军决赛之路中，身为中场球员令人叹为观止地打入4粒进球并有2次助攻，创造了9次直接进球机会，并且成功抢断17次拦截33次，能攻善守，无所不能，创下该届世界杯最高纪录是当之无愧的最佳球员。 1970年6月，第九届世界杯大赛在墨西哥举行。贝肯鲍尔与队友密切配合，杀入四分之一决赛。这次的对手是上届世界杯决赛的对手英格兰队，真是冤家路窄。英格兰曾以2:0领先，但贝肯鲍尔没有被压力打到，他从后场一路带球杀到前场顺势大力远射破门吹响了反攻的号角！队友们瞬间士气大振，结果连得两分，以3:2惊天大逆转战胜了“宿敌”英格兰队，为1966年在温布利体育场的失败报了一箭之仇。半决赛对阵意大利，贝肯鲍尔数次极具威胁的直塞球令对方球门风声鹤唳，又两次从中场40米长途奔袭连过数人迫使意大利人只能以凶狠的犯规来阻止，而贝肯鲍尔也因肩膀脱臼而打上绷带，继续在场上战斗，这一刻他震撼了世界！也成为世界杯历史上的永恒的经典画面。
1972年贝肯鲍尔又和队友们参加了第四届欧洲足球锦标赛，他们抖擞精神一路势如破竹，分别以3：1英格兰队、2：1比利时队、3：0苏联队、以压倒性的优势连胜三支强队，为德国首次夺得洲际大赛冠军。贝肯鲍尔领衔的这支西德队被认为是历史上最好的德国队，也被UEFA欧足联官方公认为欧洲杯历史上最强大的球队，没有之一。 1974年6月，第十届世界杯在西德举行，贝肯鲍尔第三次参加世界杯大赛。他参加过两次世界杯，但都未能夺冠，他心有不甘。此时的他无论经验、技术和组织能力都优于以往，达到巅峰，他立志要拼。天有不测风云，第一场比赛西德队就以0:1爆冷败在了东德队的脚下。出师不利使全队信心大减，甚至连教练都心灰意冷了。但关键时刻贝肯鲍尔站了出来，成了全队的精神支柱。他从教练手中接过指挥权，由他排兵布阵，决定谁上场和打什么战术。虽然这些做法激怒了个别队友甚至教练，但后来的结果证明他在关键时刻挺身而出的英雄气概是正确的并且值得赞扬的。贝肯鲍尔不是前锋，也不是前腰，而是身怀绝技坐镇中后场的指挥家。这才是真正的帝王，统筹全局无须冲锋陷阵，却早已决胜千里之外！贝肯鲍尔也是足球历史上第一位现役球员兼教练的传奇人物。
1974年7月7日，西德队与荷兰队争夺冠军。由于对荷兰队的踢法估计不足，一开场负责防守克鲁伊夫的福格茨不知所措。荷兰队在中圈开球，三传两递将球交给克鲁伊夫，就在克鲁伊夫快速带球往前冲形成单刀的时候，西德队后卫无奈只好将其绊倒，被罚点球，先失一城。此时离开场才56秒钟，西德队连球还没碰到过。失球后贝肯鲍尔不急不躁指挥着队友，全队不慌不乱，有条不紊地打着预先制定好的战术，第25分钟，西德队禁区内断球，贝肯鲍尔中路带球吸引了对方三四名防守队员，突然斜长传前场左路，赫尔岑拜因拿球斜插禁区被放倒，布莱特纳点球追平。反超的一球更堪称样板，贝肯鲍尔后场抢断克鲁伊夫立即长传右路，邦霍夫带球高速反击，在禁区右侧晃过后卫低传门前，穆勒在三名后卫包夹下，用自己最擅长的进球方式转身射门得分。西德队在先失一球的不利情况下不到上半场结束就一举将比分反超！下半场要不是本队太过托大错失多次得分良机以及当值裁判的误判吹掉了穆勒的一个好球这场世界杯决赛将会是场比分悬殊毫无悬念的血腥大屠杀。最终西德队荡气回肠的2:1逆转战胜荷兰队第二次夺得世界杯冠军。当贝肯鲍尔从国际足联主席斯坦利·劳斯手中接过大力神杯的时候，他无比激动地说：“1954年我还只是一个小孩，守在收音机旁听世界足球锦标赛的实况转播，如今我亲身参加了这样的比赛并成为了世界杯冠军，我的梦想实现了！”“不是强者胜，而是胜者强！我才是这个时代正真的胜利者。”贝肯鲍尔也成为继球王贝利结束雷米特时代后第一个举起大力神杯的历史性伟人，自此开启了大力神杯时代。 贝肯鲍尔加盟拜仁前，拜仁还是只乙级小球会，贝肯鲍尔担当主力的第一年拜仁就成功升上甲级。拜仁在德甲的第一个赛季最终排名第三位，并且获得了德国杯赛的冠军，这使他们有资格进入下一个赛季的欧洲优胜者杯。次年在欧洲优胜者杯决赛中，拜仁1比0力克苏格兰球队格拉斯哥流浪者足球俱乐部夺得了冠军！第一次参加欧战就夺得冠军，这简直不可思议。1967年，拜仁成功卫冕德国杯。1968年，南斯拉夫人布兰科·泽比奇接过帅印，他对纪律的要求非常严格，这为拜仁带来了良好的成绩，他在仅仅使用13名球员的情况下，带领拜仁取得了德国职业足球历史上第一个德甲联赛和德国杯双冠王。
从1970-71赛季起，乌多·拉特克开始执掌球队并确立贝肯鲍尔作为球队领袖和技战术核心的地位。在他执教的第一个赛季，拜仁就捧起了当年的德国杯。接下来的1971-72赛季，拉特克为球队带来了历史上第三座德甲冠军奖盘。对阵沙尔克04的关键战役，是拜仁在慕尼黑奥林匹克体育场进行的第一场正规比赛，也是德甲第一次使用直播技术。这场比赛，拜仁5比1大胜对手，并创下了诸如历史得分最多和进球最多等多项记录。拜仁在接下来的两年实现了联赛三连冠的伟业，并且在1974年欧洲冠军杯决赛的重赛中4比0横扫马德里竞技，首次夺得欧冠冠军。次年1975年欧洲冠军杯决赛中击败利兹联捍卫了自己在欧洲足坛的王者地位。1976年的欧洲冠军杯决赛，拜仁打败了法国球队圣埃蒂安足球俱乐部，连续三年在欧洲赛场有所作为，完成欧冠三连冠壮举！同年拜仁还捧得了世俱杯的冠军。1974、1975、1976年，贝肯鲍尔身为队长率领的这支拜仁连续3年称霸欧洲冠军杯，成为历史上仅有的3支也是最后一支欧冠三连霸的球队统领整个欧洲。自贝肯鲍尔加盟那天算起拜仁慕尼黑俱乐部在不到十年间从一个德国乙级小俱乐部一跃成为欧洲足坛第一豪门！可以这么说正是贝肯鲍尔一手缔造出这支俱乐部的王朝时代。
1978年贝肯鲍尔应好友贝利之邀远赴美国进行发展，而拜仁在之后几年再也没有获得任何比赛的锦标。 1980年贝肯鲍尔回到阔别三载的祖国加盟汉堡俱乐部，并随该队获得1982年德国甲级联赛冠军和欧洲联赛亚军。他参加了世界杯的外围赛为德国队最后尽一把力，但由于伤病的原因，没有参加决赛阶段的比赛。
1982年6月1日，37岁的贝肯鲍尔因为伤病原因被迫挂靴，在告别仪式上，面对数以万计的拥戴者，他激动万分。为了表彰贝肯鲍尔对足球的巨大贡献，联邦德国于1983年授予他国家铁十字勋章。
