世界上鱼的种类共约2万余种。其中圆口纲约73种，软骨鱼纲约800种，硬骨鱼纲约2万种左右。我国鱼的种类3000种左右。其中海水鱼类约2100余种。淡水鱼类1010种左右常见的淡水鱼种类。
盲鳗纲
盲鳗目 Myxiniformes - 盲鳗
鳍甲鱼纲
Order Arandaspidiformes †
Order Pteraspidiformes †
花鳞鱼目 Thelodontiformes †
头甲鱼纲
七鳃鳗目 Petromyzontiformes - 八目鳗
缺甲鱼目 Anaspidiformes †
铠甲鱼目 Galeaspidiformes †
头甲鱼目 Cephalaspidiformes †
盾皮鱼纲
荫鳐鱼目 Rhenaniformes †
胴甲鱼目 Antiarchiformes †
棘胸甲鱼目 Acanthothoraciformes †
褶齿鱼目 Ptyctodontiformes †
瓣甲鱼目 Petalichthyiformes †
叶鳞鱼目 Phyllolepiformes †
节甲鱼目 Arthrodiriformes †
软骨鱼纲
全头亚纲 Holocephali
Superorder Paraselachimorpha †
枕鳍鲛目 Iniopterygiformes †
瓣齿鲨目 Petalodontiformes †
Order Eugeneodontiformes †
口鲨目 Orodontiformes †
Order Desmiodontiformes †
爪齿鲛目 Helodontiformes †
全头总目 Holocephalimorpha
Order Cochliodontiformes †
Order Menaspiformes †
银鲛目 Chimaeriformes
板鳃亚纲 Elasmobranchii
裂口鲨总目 Cladoselachimorpha †
裂口鲨目 Cladoselachiformes †
异棘鲨总目 Xenacanthimorpha †
异棘鲨目 Xenacanthiformes †
鲛总目 Euselachii (=Selachimorpha)
Order Ctenacanthiformes †
弓鲛目 Hybodontiformes †
异齿鲛目 Heterodontiformes - 异齿鲛
须鲛目 Orectolobiformes - 鲸鲨、 护士鲨
白眼鲛目 Carchariniformes - 白眼鲛、 双髻鲨
鲭鲛目 Lamniformes - 大白鲨、 姥鲨、 长尾鲨
六鳃鲛目 Hexanchiformes
角鲛目 Squaliformes
扁鲛目 Squatiniformes - 扁鲨
锯鲛目 Pristiophoriformes - 锯鲨
鳐目 Rajiformes - 鳐、 鲼、
棘鱼纲
栅棘鱼目 Climatiiformes †
棘鱼目 Acanthodiformes †
锉棘鱼科 Ischnacanthiformes †
硬骨鱼纲
肉鳍鱼亚纲 Sarcopterygii腔棘下纲 Coelacanthimorpha
腔棘鱼目 Coelacanthiformes - 腔棘鱼
肺鱼四足下纲 Dipnotetrapodomorpha
角齿鱼目 Ceratodontiformes - 澳洲肺鱼
双鳔肺鱼目 Lepidosireniformes - 美洲肺鱼
根齿鱼下纲 Rhizodontimorpha †
根齿鱼目 Rhizodontiformes †
骨鳞下纲 Osteolepimorpha †
骨鳞鱼目 Osteolepiformes †
辐鳍鱼亚纲 Actinopterygii软质下纲 Chondrostei
Order Cheirolepiformes †
多鳍鱼目 Polypteriformes
古鳕目 Palaeonisciformes †
Order Tarrasiiformes †
Order Phanerorhynchiformes †
龙鱼目 Saurichthyiformes †
鲟形目 Acipenseriformes - 鲟鱼
Order Ptycholepiformes †
Order Pholidopleuriformes †
Order Perleidiformes †
卢加鱼目 Luganoiiformes †
新鳍下纲 Neopterygii
全骨鱼派 Holostei
半椎鱼目 Semionotiformes - 雀鳝
弓鳍鱼目 Amiiformes
坚齿鱼目 Pycnodontiformes †
剑鼻鱼目 Aspidorhynchiformes †
Order Pachycormiformes †
真骨鱼派 Teleostei
叉鳞鱼目 Pholidophoriformes †
薄鳞鱼目 Leptolepidiformes †
Order Tselfatiformes †
骨舌鱼亚派 Osteoglossomorpha
乞丐鱼目 Ichthyodectiformes †
骨舌鱼目 Osteoglossiformes - 红龙、 象鱼
海鲢亚派 Elopomorpha
海鲢目 Elopiformes - 海鲢
北梭鱼目 Albuliformes - 北梭鱼
鳗形目 Anguilliformes - 淡水鳗、 海鳗
囊鳃鳗目 Saccopharyngiformes
Order Crossognathiformes †
鲱形亚派 Clupeomorpha
Order Ellimmichthyiformes †
鲱形目 Clupeiformes - 沙丁鱼
真骨鱼亚派 Euteleostei
Superorder Ostariophusi
无耳鳔系 Anotophysi
鼠鱚目 Gonorynchiformes - 虱目鱼
骨鳔系 Otophysi
鲤形目 Cypriniformes - 鲤鱼
脂鲤目 Characiformes - 食人鱼
鲶形目 Siluriformes - 鲶鱼
裸背鱼目 Gymnotiformes - 长刀鱼、 电鳗
原棘鳍总目 Protacanthopterygii
狗鱼目 Esociformes - 狗鱼
胡瓜鱼目 Osmeriformes - 胡瓜鱼
鲑形目 Salmoniformes - 鲑鱼、 鳟鱼
巨口鱼总目 Stenopterygii
巨口鱼目 Stomiiformes - 巨口鱼
辫鱼目 Ateleopodiformes
圆鳞总目 Cyclosquamata
仙女鱼目 Aulopiformes - 仙女鱼
灯笼鱼总目 Scopelomorpha
灯笼鱼目 Myctophiformes - 灯笼鱼
月鱼总目 Lampridiomorpha
月鱼目 Lampridiformes - 月鱼
银眼鲷总目（须鳂总目） Polymixiomorpha
银眼鲷目 (须鳂目) Polymixiiformes
Order Ctenothrissiformes †
副棘鳍总目 Paracanthopterygii
鲑鲈目 Percopsiformes
Order Sphenocephaliformes †
鼬鱼目 (鼬䲁目) Ophidiiformes - 鼬鱼
鳕形目 Gadiformes - 鳕鱼
蟾鱼目 Batrachoidiformes
鮟鱇目 Lophiiformes - 鮟鱇
棘鳍总目 Superorder Acanthopterygii
鲻形系 Mugilomorpha
鲻形目 Mugiliformes
银汉鱼系 Atherinomorpha
银汉鱼目 Atheriniformes
颌针鱼目 Beloniformes - 针鱼、 秋刀鱼
鳉形目 Cyprinodontiformes - 食蚊鱼
鲈形系 Series Percomorpha
奇金眼鲷目 Stephanoberyciformes
金眼鲷目 Beryciformes - 金眼鲷
海鲂目 Zeiformes
刺鱼目 Gasterosteiformes - 海马
合鳃鱼目 Synbranchiformes - 黄鳝
鲉形目 Scorpaeniformes - 狮子鱼
鲈形目 Perciformes - 鲈鱼、 鮣鱼、 虾虎鱼、 鲭鱼、 鲳鱼、 旗鱼、 鲔鱼
鲽形目 Pleuronectiformes - 比目鱼
鲀形目 Tetraodontiformes (=Plectognathi) - 河豚、 翻车鱼