法律分析：只有经省级地方税务局根据纳税人公务交通、通讯费的实际发生情况调查测算后，报经省级人民政府批准、国家税务总局备案的一定标准之内的公务交通、通讯费用才可以扣除。除此之外，或者超出这一标准的公务费用，一律并入当月工资、薪金所得计征个人所得税。因此交通补贴的税应当依法缴纳，如果不依法缴纳个税的话员工将会有偷税、漏税等违法的行为。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第二条?下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：(一)工资、薪金所得;(二)劳务报酬所得;(三)稿酬所得;(四)特许权使用费所得; (五)经营所得;(六)利息、股息、红利所得;(七)财产租赁所得;(八)财产转让所得; (九)偶然所得。居民个人取得前款第一项至第四项所得(以下称综合所得)，按纳税年度合并计算个人所得税;非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
《中华人民共和国个人所得税法》第四条?下列各项个人所得，免征个人所得税：(一)省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金;(二)国债和国家发行的金融债券利息;(三)按照国家统一规定发给的补贴、津贴;(四)福利费、抚恤金、救济金;(五)保险赔款;(六)军人的转业费、复员费、退役金;(七)按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、基本养老金或者退休费、离休费、离休生活补助费;(八)依照有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得;(九)中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得;(十)国务院规定的其他免税所得。前款第十项免税规定，由国务院报全国人民代表大会常务委员会备案。