车辆发动机号与行驶证不符最大的可能是更换了发动机。但更换发动机有必须有审核、登记流程。这是是为了避免部分车主使用故障、假冒伪劣甚至是走私的发动机，而一旦发现车主有私刻发动机号码的情况，不仅需要立刻提供相关材料证明发动机的正当合格，同时相关责任人还要承担一定的罚款。
车辆的发动机号和车架号相当于车辆身份的最后确认证明，一般情况下，隐藏在发动机上和车架上的号码是不会消失的，除非是人为销掉。因此，车管所不会受理两号模糊的车辆的年检和过户等手续。
机动车重新拓号六步走：
第一步：车主写一份情况说明，说明车辆使用情况。
第二步：车主携带情况说明、车辆的行驶证、机动车登记证明、机动车来历证明、车主身份证等资料，送到市车管总所。
第三步：车管总所工作人员提取该车的档案，查验该车是否是盗抢车或赃车，有无海关监管记录，有无抵押登记和其他不合法的情况。
第四步：一周内，车管所出具一份意见书给车主。
第五步：车主带此意见书到车辆刑侦机构重新进行刑侦办理。
第六步：刑侦过关后，车主将车开到有关的检测站进行车架号或发动机号的重新拓号。