当时的情况是亲政后的康熙帝已决意撤藩 。他这样做亦有苦衷：既有忌惮三藩手握重兵、尾大不掉方面的顾虑，又有统一政令、减轻朝廷财政负担方面的考量，而且他撤藩的决心是相当坚定的。即使吴三桂不铤而走险，发动“三藩之乱”，以康熙坚毅的个性，以及吴三桂桀骜不驯、生性反复的特点，他也是很难得以善终的。对拥兵自重、割据云、贵的平西王吴三桂来说，为了保住既得利益，不致沦为砧板一块上任人宰割的鱼肉，他是反也得反，不反也得反，除此之外别无他路可走。
由于吴三桂极其卖力地击灭了李自成的农民军余部，还一路穷追不舍，率军进入缅甸追剿南明残渣余孽，最后诛杀南明永历帝，彻底消灭了南明最后残余势力，为清廷立下赫赫战功，被封为亲王，除统率云南外，还兼管贵州。
彼时，云、贵两省的财赋兵马以及官员任免之大事，全由平西王吴三桂一人独断专行，吏部、兵部、户部都无权过问。
这时天下已经粗定，清廷派出四处征伐的军队已经纷纷奉命班师回京，只有福建、广东、云贵等地方除外。原来明降将耿仲明对大清立有大功，被封靖南王，镇守福建；尚可喜亦积功被封平南王，镇守广东。这三个藩王中，以平西王吴三桂实力最为雄厚，麾下兵多将广，财雄势大。
康熙登基后，在孝庄皇太后的鼎力支持下，虽然年纪小，但聪察英明，行事果决，因此极得人心。他亲政后，计除悍臣鳌拜，恢复内阁制度，并下令为那些被鳌拜杀害的诸王大臣平反昭雪， 还立即叫停了极不得人心的圈地恶政。同时他一改满清歧视汉人的积弊 ，实行满汉官员同一品级，以攫拔能力出众的汉官，并激发他们的积极性。
此举正中康熙下怀，他立即批准了尚可喜的奏请。尚可喜被撤除平南王藩封，给平西王吴三桂和靖南王耿精忠（其父耿仲明已死，由他袭爵）出了个大大的难题。两人迫不得已，只好上奏自请撤藩，其实两人内心万般不甘，主动请辞也属言不由衷。
吴三桂为清廷入主中原立下汗马功劳。他兵强马壮，权倾朝野，云贵两省犹如吴家禁脔，是不折不扣的独立王国。
吴三桂手下有吴应麒、夏国相、胡国柱、马宝、吴国贵、王屏藩等百名悍将，精兵二十万，多年搜括、聚敛的财富堆积如山。他怎肯舍弃眼前这浴血打拼而博取的荣华富贵与烜赫权势呢，回辽东老家做个无职无权的退休老头呢？
因此，他上疏请辞只是做做样子，顺便试探下康熙帝的底线，他狂妄地认为，朝廷不敢真的撤除自己的藩封，小皇帝立足未稳且见识不多，当年跟随多尔衮入关横扫群雄的骁将基本已经凋零殆尽，环顾朝廷上下，还有谁可与我平西王的二十万铁血雄师对抗、较量？
估计也很难，因为亲政后的康熙帝忌惮三藩手握重兵、尾大不掉，同时，又有统一政令、减轻朝廷财政负担方面的考量，所以他撤藩的决心是相当坚定的。即使吴三桂不铤而走险，发动“三藩之乱”，以康熙坚毅的个性，以及吴三桂桀骜不驯、生性反复的特点，这对君臣也很难和谐共处，皇帝会猜忌臣子，当臣子的也会提防皇帝。吴三桂不会甘愿失去主动权，做案板上的鱼肉。
一、处事果决的康熙帝
康熙登基后，在孝庄皇太后的鼎力支持下，虽然年纪小，但聪察英明，行事果决，因此极得人心。他亲政后，计除鳌拜，恢复内阁制度，并下令为那些被鳌拜杀害的诸王大臣平反昭雪， 还立即叫停了极不得人心的圈地恶政。同时他一改满清歧视汉人的积弊 ，实行满汉官员同一品级，提拔能力出众的汉官。为政令畅通无阻、减轻朝廷财政负担，康熙开始考虑撤藩。三番军费开支庞大，已经让朝廷的财政不堪重负。此时恰好平南王尚可喜因为儿子尚之信不孝，与儿子关系紧张，主动上书请求康熙撤销他的藩封，恩准他解甲归田，回辽东故里养老。
此举正中康熙下怀，他立即批准了尚可喜的奏请。这就给平西王吴三桂和靖南王耿精忠（其父耿仲明已死，由他袭爵）出了个大大的难题。两人迫不得已，只好上奏自请撤藩，但其实也只是想看看朝廷的反应。
二、吴三桂为首的三藩之乱
吴三桂，原来是大明的臣子，却在李自成攻陷京都的时候，没能及时救援君主。又在山海关以“冲冠一怒为红颜”为借口，开关迎大清入关。性格反反复复，永远利益为先。在大清封他为平西王后，就占据了云南。贵州，俨然独立的小朝廷。
南明永历帝在昆明的旧皇宫，成了吴三贵的平西王府，而且不断大兴土木，扩建增修。吴三桂除大老婆张氏、宠妾陈圆圆外，还有四面观音、八面观音等妾室若干，他还派人在两省大张旗鼓的采买秀女，后宫佳丽不下千人，俨然已是一代帝王。
吴三桂手下有吴应麒、夏国相、胡国柱、马宝、吴国贵、王屏藩等百名悍将，精兵二十万，多年搜括、聚敛的财富堆积如山。他有资本，也有实力和朝廷叫板，上书撤藩只是顺探下康熙帝的底线，他狂妄地认为，朝廷不敢真的撤除自己的藩封，小皇帝立足未稳且见识不多，当年跟随多尔衮入关横扫群雄的骁将基本已经凋零殆尽，环顾朝廷上下，难有对手。
吴三桂见弄假成真，怎肯失去既得利益，便于康熙十二年（1673年）十一月二十一日，于闹市中将云南巡抚朱国治斩杀，自称大明天下都招讨兵马大元帅，并蓄发易服，恢复明朝衣冠，军旗皆用白色，声称奉明思宗崇祯帝三太子于军中，竖起为明复仇的大旗，并发布檄文，号召天下，共举义旗，共击满清。
吴三桂率先举兵叛乱，尚之信、耿精忠等闻风相继起兵响应，这场规模浩大的战争共打了九年，史称“三藩之乱”。