在进行定陵挖掘时，由于技术水平的限制，使许多丝织品、书画以及帝王帝后棺椁等珍贵文物被破坏，造成了无法挽回的损失，具体分析如下：
一.未准备充足，造成大量丝织品严重损毁。二十世纪五十年代，以郭沫若等人为代表的考古团队，为了进一步展开对于明朝历史的研究，决定开始挖掘定陵。但非常遗憾的是，不仅没有达到预期的效果，还给定陵中的文物造成了十分严重的破坏。
据有关数据显示，当时出土的各种丝织品，包括袍料、布匹和衣服等共有六百多件。长期处于封闭黑暗和缺氧潮湿环境中的丝织品，由于在曝光之前，考古人员未采取充分的保护措施，出土后就很快被碳化，变硬发黑直至失去基本的纹理构造。
据说刚出土时颜色鲜艳，如同新的一样很是华丽，而变硬是由于考古人员错用了一种含有塑料成分的丝织品氧化剂。在这些丝织品中最为珍贵的，当属万历皇帝的缂丝龙袍。制作该龙袍所使用的缂丝技术已失传，而龙袍也因当时考古技术的落后，最终未能幸免于难，它的历史研究价值被极大的破坏。
定陵被成功打开后，皇帝和皇后的金丝楠木棺椁和尸身都保存的尚为完好，甚至头发还存在光泽。而当时进行挖掘的相关考古人员，却因棺椁占地大和地宫脏乱为由，竟将棺椁随意丢弃。即使后期意识到此做法的严重错误性，派人紧急寻回，也没能找回帝王帝后的棺椁。
可见当时的考古工作者，根本没有想到金丝楠木的珍贵性，以及棺椁本身所具有的考古价值，十分令人痛心。更让人遗憾的是他们的尸骨，也因后期一系列的波折，而永远的消失在这个世界上，让后世学者痛失研究明朝时期文化的机会。
此外，定陵中没有字画留存，这一点很让人疑惑。因为按照史料记载，万历皇帝很爱读书，用字画陪葬是再正常不过的事情了。比较可能的原因就是，当时挖掘出来的字画和书本等，或许也因被风化而损坏。
失去了名贵的丝织品和具有重要学术研究意义的万历帝王皇后的尸骨和字画，这都因为当时保养文物技术原因和当时人们对文物不重视的理念。
当时主持挖定陵的郭沫若、吴晗等人并没有挖过帝陵的经验，因此在没有充足准备的情况下就打开了万历帝陵，而万历帝陵中的丝织品长期处于一种封闭无光无氧潮湿的环境下，突然改变文物环境，很大可能会造成文物发生物理化学反应而损坏。而当时出土的六百多件丝织品一出土遇光后便开始出现碳化的情况，本来鲜艳发光的丝织品开始发黑，再也没有以前的纹理，其中最贵重的就是万历帝王的龙袍，虽然一出土没有发生太大改变，但是置放文物的文物库环境并不适合放置这件龙袍，没过多久龙袍就开始碳化碎裂，我们也失去了一件极具历史意义的文物，现在的万历帝王的龙袍都是人们仿制的。
当时出土的金丝楠木棺材本来是放万历帝王和他两位皇后的，但是那些文物工作者并不重视这三具棺材。在将其运到仓库的时候，因为仓库已经被文物堆满，便将这三具棺材放在山脚下，过几天去寻拿的时候，却早已被别人给拿走了。
书画对环境的要求并不低于丝织品，深埋千年的书画是不能接触到空气的，否则就会立刻风化成渣。当时的工作人员没有携带密封袋，导致出土的书画全部风化消失，万历帝王是非常酷爱书画的，其陵中肯定有大量的书画，这对学术研究来说造成了非常严重的影响。