在您公司从小规模纳税人登记为一般纳税人后，销售在小规模纳税人时期购进的固定资产时，缴纳增值税的方式和税率主要取决于相关政策规定及固定资产的具体情况。以下是根据当前政策进行的详细解答：
一、基本规定
根据《国家税务总局关于一般纳税人销售自己使用过的固定资产增值税有关问题的公告》及后续相关公告（如国家税务总局公告2024年第36号），纳税人购进或者自制固定资产时为小规模纳税人，认定为一般纳税人后销售该固定资产，可按简易办法依3%征收率减按2%征收增值税。
二、缴纳增值税的具体操作
税率确定：
销售该固定资产时，企业应按照简易办法依照3%征收率减按2%计算缴纳增值税。
发票开具：
企业应开具3%征收率的增值税普通发票。
如果纳税人选择放弃减税，即按3%征收率全额计算缴纳增值税的，可以开具增值税专用发票。
纳税申报：
在纳税申报时，企业需通过填写纳税申报表来享受减税优惠。
一般纳税人需要按月进行增值税纳税申报，相比小规模纳税人按季申报，需要增加申报的频次和工作量，同时也需要更加及时和准确地报送税务资料。
三、注意事项
政策变化：
增值税政策可能随时调整，企业应密切关注国家税务总局发布的最新公告，以确保按照最新政策进行税务处理。
会计核算：
升级为一般纳税人后，企业需要提高会计核算水平，以更好地适应按月申报和更复杂的税务管理要求。
资料准备：
在办理税务登记和纳税申报时，企业需要准备充分的资料，如营业执照、法人身份证、税务登记证等，以便顺利通过审核和办理相关手续。
四、总结
您公司在小规模纳税人时购进的固定资产，在登记为一般纳税人后销售时，应按照简易办法依照3%征收率减按2%计算缴纳增值税。在操作过程中，企业应注意政策变化、提高会计核算水平、准备充分的资料，并严格按照相关规定进行发票开具和纳税申报。