广西医科大学的基础医学院源于1959年1月成立的医学基础部，历经变迁，在1998年9月正式更名为基础医学院。学院注重与时俱进，其工作重点在于推动教学与科研的持续发展，坚持以人为本，致力于构建和谐的学习环境。
学院内部机构设置完善，包括学院办公室和教研科两个行政科室，以及多个专业领域教研室，如微生物学与免疫学、病理学、生理学、病理生理学、化学、生物化学与分子生物学、组织学与胚胎学、人体解剖学、物理学、寄生虫学、细胞生物学与遗传学等。此外，还有公共体育教研部和实验生理科学实验室、实验技术中心等研究设施，如形态学实验室。
在学科建设方面，人体解剖学与组织胚胎学、病理学与病理生理学两个学科拥有博士学位授予权，而病理学、病理生理学、微生物学、生理学、生物化学与分子生物学、药物化学、人体解剖与组织胚胎学、病原生物学等专业拥有硕士学位授予权。学院在自治区级重点学科上表现突出，病理学和人体解剖与组织胚胎学是其中的两个重点学科。
在课程建设上，“十五”期间，人体解剖与组织胚胎学和病理学被列为广西高校普通本科专业精品课程，而病理学、人体解剖学、组织学与胚胎学等8门课程被评为自治区级重点课程。这些成就体现了学院在教学质量和科研实力上的坚实基础。
广西医科大学基础医学院是广西医科大学中的一个二级学院。广西医科大学坐落在广西壮族自治区首府南宁市，创建于1934年11月21日，是全国建校较早的22所医学院校之一，是全国最早定点招收外国留学生、港澳台学生和华侨学生的8所医学院校之一，是全国首批有资质开展全英授课的30所高校之一，是广西政府重点建设的大学之一。学校办学历史悠久。创建时称广西省立医学院，之后校名曾先后改为广西大学医学院、广西军医学校、广西省立医药专科学校、广西省医学院、广西医学院。1996年6月，国家教育部批准更名为广西医科大学。