安徽中烟工业有限责任公司按照其职能和业务划分，主要机构可以概括为三大板块：部门、中心以及烟厂。
部门部分主要包括：办公室，它下设法律与改革部和外事办，负责公司内部的法律事务以及对外交流；公司工会，关注员工权益；原料部，负责烟草原料的管理和采购；技术中心，是公司技术研发的核心部门。
在中心层面，有企业管理部（内含信息中心），负责企业的运营管理；进出口部，负责公司的进出口业务；财务部，处理公司的财务核算和管理；营销中心，是推动产品销售和市场策略的主要部门。
烟厂方面，芜湖卷烟厂设有纪检组监察部和整顿办，确保企业合规运作；物流中心负责物资的运输和配送；审计部负责内部审计，确保财务透明；制造中心则专注于烟草产品的生产制造；合肥卷烟厂的安全保卫部保障厂内安全；投资管理部负责资本运作和投资决策；政工部关注员工的思想政治工作；采购中心负责采购与供应链管理；阜阳卷烟厂物资采购部和制造管理部则负责采购与生产环节的精细运作。
最后，滁州卷烟厂设有机关服务中心，主要负责内部行政服务，而人力资源部则负责全厂的人力资源规划与管理。
2003年4月，安徽烟草按照国家局推进行业管理体制改革的要求，率先实现工商分设，成立了全行业首家省级中烟公司；2005年3月，安徽中烟工业公司所属蚌埠、合肥、滁州三家卷烟厂分别取消法人资格，组建黄山卷烟总厂，完成第一步联合重组；2006年5月，芜湖卷烟厂、阜阳卷烟厂与黄山卷烟总厂取消法人资格，并入安徽中烟工业公司，完成第二步联合重组。至此，安徽卷烟工业在行业内率先实现一体化运作，实现了既定的战略目标，完成中烟公司从行政管理机构向生产经营实体的转变，再次走在全行业前列。