当小米手机系统桌面停止运行时，可能是由于数据混乱导致的系统崩溃。此时，需要进行数据清理和刷新手机。以下是具体步骤与方法：
1. 在小米手机处于关机状态下，同时按住“开机键”和“音量加”键，进入recovery刷机模式界面。
2. 在刷机模式界面，选择简体中文模式（使用音量键上下选择，用电源键确认，界面底部有提示）。
3. 进入中文模式后，使用音量减键移动到第二项“清除数据”，并按电源键确认，进入清除数据界面。
4. 在清除数据界面内，通过音量减键移动到“清空用户数据”选项，并按电源键确认。
5. 等待用户数据清空完毕，系统将返回主菜单界面。此时，可以重启手机，数据清除操作即完成。
请注意，在执行上述操作时，务必谨慎操作，并确保备份重要数据，以防数据丢失。同时，如果手机系统仍然存在问题，建议联系小米官方客服或专业维修人员进行进一步处理。