单位清查的主要流程和各环节时间段安排如下：
1、资产清查。这是对各类资产进行全面清理、登记、核对和查实的过程，包括固定资产、流动资产、无形资产等。通过资产清查，可以了解单位资产状况，发现并解决资产问题，提高资产管理水平。
2、账务清理。这是对各类账务进行清理的过程，包括银行账户、往来账务、存货等。通过账务清理，可以核对账务记录的真实性、完整性和准确性，发现问题并及时纠正。
3、实物清查。这是对各类实物资产进行清查的过程，包括原材料、半成品、产成品等。通过实物清查，可以核对实物资产的数量、种类、规格、质量等信息，确保与账面记录一致。
4、负债清查。这是对各类负债进行清查的过程，包括应付账款、短期借款等。通过负债清查，可以核对负债的真实性、完整性和准确性，发现问题并及时解决。
具体的时间安排：
1、准备阶段：安排1天时间，主要收集各项资料，包括单位基本情况介绍、行政事业单位登记证、代码证、税务登记证、人员编制、两个月的工资单（一般为6月和12月）、资产清查动员会议纪要、文件（清查小组组长是谁，为期多长）；截止2015年12月31日的财务报表、固定资产明细账、资产清查明细表、盘点单、清查报表、12月31日的银行对账单；权证类：房产证、土地证、车辆行驶证；单位各项管理制度（特别是涉及财务、报销、采购、资产、车辆、信息技术的，如宾馆的收银制度）；自盘工作底稿（不一定要）。
2、资产清查阶段：根据实际情况，可能需要1周到2周的时间，主要工作包括盘点现金、存货，查看存货出入库记录；翻阅无形资产、固定资产入账的原始凭证以及采购合同，确认是否虚构；拿到人事报表，查看薪酬福利情况；拿到小金库台账，查看资金使用情况。
3、后续工作阶段：资产清查工作完成后，需要1周到2周的时间进行后续工作，包括但不限于账龄分析，合同凭证，函证等。
资产清查工作的基本要求：
1、清查工作要依靠群众，发动广大职工、干部，对全部资产，包括帐内外、库内外、地上地下、车间内外、厂（公司、店）区内外，都进行全面、彻底的清查。
2、在清查中要把实物盘点同核查帐务结合起来，把清理资金占用同核查资金来源结合起来。
3、全面清点品种、规格、型号、数量，以物对帐，以帐查物，查清资产来源、去向和管理情况，做到见物就点，是帐就清，对帐物不清的资产要进行追忆、查找，不留死角，不打埋伏，不重不漏。