一、定义不同
边防部队（简称：边防部队，英文：CAPF Border Defence Force）是国家部署在沿边沿海地区和口岸的一支重要武装执法力量，隶属公安部。
公安边防部队实行人民警察编制，在省、自治区、直辖市设公安边防总队，边境和沿海地区（市、州、盟）设公安边防支队，县（市、旗）设公安边防大队，沿边沿海地区乡镇设边防派出所。
内地通往边境管理区的主要干道上设边防公安检查站，沿海地区设海警支队、大队，开放口岸设边防检查站。
中国人民武装警察部队海警支队，海警队伍整体划归中国人民武装警察部队领导指挥，调整组建中国人民武装警察部队海警总队，中国海警局统一履行海上维权执法职责。
二、内设机构不同
边防部队机构
公安部设边防管理局，负责对全国公安边防部队的统一组织、指挥、管理，下设司令部、政治部、后勤部。
公安部边防管理局为正军级，设局长、政委、副局长、副政委、副局级调研员等职务，内设机构有：
1、司令部：参谋长 副参谋长 办公室 边境管理处 边境检查处 情报侦察处 政策法规处 警务督察处 训练处 通信技术处 机要处 直政处。
2、政治部：主任 副主任 秘书处 干部处 宣传处 纪检办公室 边防警察报。
3、后勤部： 部长 副部长 财务处 军需卫生处 营房处 军械运输处 审计处。
海警支队内设机构
根据大部制改革有关文件，海警支队设如下机关：海警司（海警司令部）、人事司（海警政治部）、财务装备司（海警后勤装备部），对外以中国海警局名义进行维权执法行动。今后将由中国海警局承担统一指挥调度海警队伍开展海上维权执法活动的具体工作。
三、职责不同
边防部队主要职责：
1、沿边沿海地区边防管理；
2、边境沿海地区、海上治安管理及渔船民管理；
3、出入境人员、交通运输工具的边防检查和监护；
4、毗邻香港、澳门边境一线的巡逻警戒，北部湾海上边界巡逻监管；
5、涉外边防合作；
6、防范、打击沿边沿海地区各种违法犯罪，管辖在海上发生的刑事案件，管辖在边境管理区和沿海地区发生的组织他人偷越国（边）境案、运送他人偷越国（边）境案；
偷越国（边）境案和破坏界碑、界桩案，以及在边境管理区和沿海地区查获的走私、贩卖、运输毒品和走私制毒物品等案件。
海警支队职责
1、中国海警支队履行海上维权执法职责，包括执行打击海上违法犯罪活动、维护海上治安和安全保卫、海洋资源开发利用、海洋生态环境保护、海洋渔业管理、海上缉私等方面的执法任务，以及协调指导地方海上执法工作。
2、中国海警支队执行打击海上违法犯罪活动、维护海上治安和安全保卫等任务，行使法律规定的公安机关相应执法职权；
执行海洋资源开发利用、海洋生态环境保护、海洋渔业管理、海上缉私等方面的执法任务，行使法律规定的有关行政机关相应执法职权。中国海警局与公安机关、有关行政机关建立执法协作机制。
3、中国海警支队履行海上维权执法职责，对海上发生的刑事案件行使侦查权。
参考资料来源：百度百科-中国人民武装警察部队边防部队
参考资料来源：百度百科-中国人民武装警察部队海警总队
2013年3月14日批准通过的《第十二届全国人民代表大会第一次会议关于国务院机构改革和职能转变方案的决定（草案）》，将海警划归为海洋总局管理，保留现役体制。
可以说以前是一家，现在分家了。本回答被网友采纳
福建边防总队海警一支队（福建福州）、二支队（福建泉州）、三支队（福建厦门）
广东边防总队海警一支队（广东广州）、二支队（广东汕头）、三支队（广东湛江）
辽宁边防总队海警一支队（辽宁大连）、二支队（辽宁丹东）
山东边防总队海警一支队（山东威海）、二支队（山东青岛）
浙江边防总队海警一支队（浙江台州）、二支队（浙江宁波）
海南边防总队海警一支队（海南海口）、二支队（海南三亚）
广西边防总队海警一支队（广西北海）、二支队（广西防城港）
河北边防总队海警支队（河北秦皇岛）
江苏边防总队海警支队（江苏太仓）
天津边防总队海警支队
上海边防总队海警支队
目前海警部队主要装备218型巡逻艇和“海豹”高速巡逻艇。218艇长41.03米，宽6.2米，深3.4米，满载排水量130吨，航速29节，续航力700海里/17节，编制23人，舰载1座14.5毫米双联高射机枪，为正营级编制。HP1500—2型“海豹”高速巡逻艇长14.65米，主机为德国沃尔沃公司制造的1430马力柴油机，最大航速52节，续航力250海里，员额6~8人，配有较先进的卫星定位导航系统。日前千吨级的1001艇已经下水，成为海警部队的“旗舰”
综上，海警就是边防的一个警种。公安边防分为陆路的、海上的、航空港的。