头孢他啶的不良反应总体上是轻微且罕见的，大约每250个使用者中会有1人出现。这些反应主要包括：
1. 过敏反应较为常见，如皮疹、荨麻疹、红斑、药物热、支气管痉挛和血清病，但过敏性休克等严重症状罕见。
2. 消化系统反应方面，部分患者可能出现恶心、呕吐、食欲减退、腹痛、腹泻和胀气，极少数人会经历伪膜性肠炎。
3. 血液学方面，个别患者用药后会观察到中性粒细胞计数减少和嗜酸粒细胞增多的现象。
4. 肝功能方面，少数患者在使用过程中可能会短暂地经历肝酶水平上升，但通常是可逆的。
5. 肾功能方面，极少数患者可能会出现尿素氮、肌酸和肌酐升高的情况，但这种情况较为少见。
6. 中枢神经系统反应较为轻微，偶见头痛、眩晕和感觉异常，罕见癫痫发作。
7. 长期使用头孢他啶可能导致二重感染，由于耐药菌的增多和菌群失衡，可能引发如鹅口疮、阴道炎等病症。
8. 长期使用还可能引发维生素K和维生素B的缺乏，对这些营养素的补充需引起注意。
9. 同时饮酒或使用含酒精药物的患者，可能会出现与双硫仑反应类似的症状，如面部潮红、头痛、眩晕、胃部不适等。
10. 注射时，肌内注射部位可能出现硬结和疼痛，静脉给药时过大的剂量或过快的注射速度可能导致血管刺激、疼痛，严重时甚至可引发血栓性静脉炎。
头孢他啶为半合成的第三代头孢菌素。制品为游离酸（五水化合物），并加有一定量的无水碳酸钠，制成注射剂供用。适用于敏感革兰氏阴性杆菌所至的败血症、下呼吸系感染、腹腔胆系感染、复杂性尿路感染和严重皮肤软组织感染。