科学教育目标可以分为促进人发展的目标和促进社会发展的目标，前者是科学教育本体功能的体现，后者是科学教育外在职能的体现。随着对科学本质的认识越来越清晰和全面，对科学价值的认识日益深刻，科学教育目标也不断发展。
总的来看，科学教育育人目标与科学教育内涵的发展是一致的。从最初的注重知识、技能到关注方法与过程,到关注科学、技术与
社会关系、把握科学本质。科学教育育人目标的重心在发生着摇摆和震荡，并不断寻找着平衡与融合，这种平衡与融合集中反映在当代“科学素养”理念的提出与发展，也表现在我国
新课程标准中提出的科学知识与技能、科学方法与过程、情感、态度与价值观三位一体的全面科学教育目标。
科学教育促进社会发展的目标就是要通过培养科技人才，发展科学技术,推动社会进步。我国提出的“科教兴国”就是一个典型例证。科学教育促进社会发展的目标也是随着
社会实践和对科学本质的逐渐认识而发展的，是一个不断反省与进步的过程。这种反思与进步表现在很多方面。
首先，人们最初把科学技术作为一种满足人类社会征服和改造自然的工具，整个社会崇尚科学知识，培根的“知识就是力量”成为近现代科学教育的旗帜。后来人们逐渐发现了科学技术带来的负面效应，提出了“科学技术是柄双刃剑”，到现在开始重新思考科学给人类带来的变化，基于尊重自然、保护人类生存环境,提出了“
可持续发展观”。
其次，表现在从只把科学技术作为发展物质文明的手段，神化科学，造成信仰危机、拜金主义，到批判科学主义，挖掘科学中的
人文精神，再到提倡科学教育中科学精神与人文精神结合的发展过程。
再次，表现在从面向少数人的精英科学教育，到科学为大众的教育，再到大众教育与精英教育结合的发展趋势。
最后，表现在科学文化领域，从近现代西方科学文化传统的霸权，到
后现代主义对近现代科学的批判，再到多元科学文化教育的理念。
这些过程充分展示了人们对科学技术与社会发展的理解在不断深化。当今科学教育的社会功能目标取向已经突破了“工具理性”，更加关注科学教育应该体现的人文关怀和改善社会文化的功能。
科学教育与人的发展和社会发展的关系是科学教育的基本问题。作为本体目标和外在目标的相互关系和相对地位在不同的历史时期和不同
文化背景下存在不同的状态,科学教育的目标也就在人与社会取向之间震荡，大部分时候,两个目标是统一的，处于均衡水平，且往往共同出现在国家教育文件上。也有一些时候，其中的一个目标会特别凸现出来。譬如,当代“科学素养”无疑是科学教育的主旋律，特别在中国，这里主要有两个原因，一个是建国以来我国教育目标中过多强调社会目标，而对学生发展目标重视不够，另一个原因是近几年在世界范围内的公民科学素养调查中显示，我国公民科学素养偏低。强调科学素养是对的，我们也不能忽略科学教育的社会功能，我国的科学教育改革正是在“科教兴国”的国策下才扬鞭策马的。