任何手术都存在风险，飞秒激光屈光手术虽然是属于微创手术，安全性高，但对角膜的正常解剖结构也会产生或多或少的影响，矫正度数越高，改变越大，影响也越大，风险相对越高。
术前检查最重要的方面就是评估个体的眼部条件是否能安全地进行手术，这需要先进的检查设备及医师的丰富经验。因此，选择正规而设备精良的医院及经验丰富的医生是手术安全性的最大保障。
飞秒激光手术的总体安全性是非常高的，虽然不少患者在术后短期会出现眼干、易疲劳、看灯光略发散等不适，但真正严重影响视力及日常生活的并发症极少发生。
屈光手术不断发展进步至今，但飞秒激光手术依然不能让所有患者都达到完美的术后视觉体验或达到鹰眼般的超视力，患者在术前应该有一个比较合理的期望值。
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