1、功能不同
细菌疫苗能提高易感人群对病原菌的抵抗力，降低病原菌感染的发生率，有利于感染性疾病的控制，所以，开发相关细菌疫苗一直是该领域的研究热点。
灭活疫苗是指先对病毒或细菌进行培养，然后用加热或化学剂(通常是福尔马林)将其灭活。灭活疫苗即可由整个病毒或细菌组成，也可由它们的裂解片段组成为裂解疫苗。
2、特点不同
随着免疫学、分子生物学等科学的不断进展，细菌疫苗的类型、组成都发生了很大变化，出现了组分疫苗、DNA疫苗等新型疫苗。
灭活疫苗既可以是蛋白质疫苗，也可以是多糖疫苗。蛋白质疫苗包括类毒素(灭活细菌毒素)和亚单位疫苗。大多数多糖疫苗由来自细菌纯化的细胞壁多聚糖组成;结合疫苗是将多糖用化学方法与蛋白质连接而得到的疫苗，从而成为更有效的疫苗。
3、作用不同
细菌疫苗可以大大降低细菌的感染从而减少抗生素的使用。抗生素使用的减少将减低抗生素耐药的选择压力，进而延缓细菌耐药的出现和传播，打破了“抗生素使用-耐药-抗生素滥用-泛耐药”的恶性循环。
灭活疫苗使受种者产生以体液免疫为主的免疫反应，它产生的抗体有中和、清除病原微生物及其产生的毒素作用，对细胞外感染的病原微生物有较好的保护效果。灭活疫苗对病毒、细胞内寄生的细菌和寄生虫的保护效果较差或无效。
参考资料来源：
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